In den Jahren des Zweiten Weltkriegs erlebte das amerikanische Militär eine rasche Ausweitung seines Systems von Militärstützpunkten, da die Zahl der jungen Männer durch Einberufung und Wehrpflicht in die Höhe schnellte. Viele von ihnen waren ehemalige College- und Profifußballer. Etwa 19 aktive oder ehemalige Spieler der National Football League fielen schließlich in den amerikanischen Kriegsanstrengungen, zusätzlich zu einer ungezählten Anzahl ehemaliger College-Spieler.

Früh in den Kriegsanstrengungen sagte ein Football-Schriftsteller über die Anwendbarkeit der Bildung von Football-Mannschaften mit militärischem Training:

Football ist ein Body-Tougher. Fußball entfacht den Kampffunken in kämpfenden Männern. Er entwickelt Aggressivität, Teamwork, Durchhaltevermögen, körperliche und geistige Koordination unter aktiver Belastung und nimmt daher einen vorderen Platz in unserem nationalen Kriegstrainingsprogramm ein. Hunderte von Mannschaften sind in verschiedenen Armeelagern und -posten sowie auf Marinestützpunkten in Formation. Die größte Beteiligung in der Geschichte des Sports wird in die Aufzeichnungen des Jahres 1942 eingetragen werden.

Ab Herbst 1942 begann das Kriegsministerium, organisierte Fußballturniere zu fördern, an denen ausgewählte Mannschaften der Militärstützpunkte teilnahmen, die gegen die dezimierten Kader der regionalen Universitäten spielten. Diese Eliteteams sind in der folgenden Liste aufgeführt.

Sie wurden in militärische All-Star-Teams umgewandelt, die gegen College- und Profispieler antraten. 1942 benannte die US-Armee zwei „All-Army-Teams“ mit jeweils etwa 60 Spielern pro Einheit, die im Osten und im Westen stationiert waren. Diese wurden informell als „Million Dollar Teams“ bezeichnet, da sie durch eine Reihe von Spielen gegen Profiteams der National Football League mehr als 1 Million Dollar für den Army Emergency Relief Fund sammeln sollten. Das Eastern Army All-Star Team wurde von Oberstleutnant Robert R. Neyland geleitet und bestritt im September 1942 Spiele gegen die New York Giants, Brooklyn Dodgers und Chicago Bears. Die Western All-Stars, die von Major Wallace Wade von der Duke University trainiert wurden, bestritten ab Ende August 1942 Spiele gegen die Washington Redskins, Chicago Cardinals, Detroit Lions, Green Bay Packers und Giants. Am Ende der Spiele hatte das Team 241.392,29 Dollar für den Fonds gesammelt.

Bis zum Ende des Krieges wurden verschiedene Service-Teams von Legenden wie Bernie Bierman (Iowa Pre-Flight Seahawks), Paul Brown (Great Lakes Navy Bluejackets) trainiert, Don Faurot (Iowa Pre-Flight Seahawks und Jacksonville Naval Air Station Flyers), Tony Hinkle (Great Lakes Navy Bluejackets), Jack Meagher (Iowa Pre-Flight Seahawks) und Joe Verducci (Alameda Coast Guard Sea Lions) – sowie die bereits erwähnten Neyland und Wade.

Auch nach der Kapitulation Japans am 2. September 1945 blieben die Zeiten jedoch noch einigermaßen ungewiss, da die alliierten Besatzungstruppen mit möglichen Befriedungsaktionen in den besiegten Achsenländern konfrontiert waren, ganz zu schweigen von den zunehmend angespannten Beziehungen zur Sowjetunion. Infolgedessen blieb ein Großteil des amerikanischen Kriegsapparats zumindest anfänglich während der Friedenszeit intakt – darunter auch viele Football-Teams der Streitkräfte.

Die State Fair of Louisiana, die normalerweise eine Reihe von College-Football-Spielen im Rahmen ihrer jährlichen State Fair Classic sponserte, stand während des Krieges zeitweise ohne ihre regulären Gastgeberschulen da, die ihre Football-Programme einstellen mussten. Die Barksdale Field Sky Raiders aus der Region wurden zu zwei Spielen im Oktober eingeladen, eines gegen die Selman Army Airfield Cyclones und eines gegen die Lake Charles Army Airfield Flying Tigers. Beim „Negro Day“-Spiel der Messe trat das Wiley College gegen die Randolph Field Black Ramblers (das afroamerikanische Gegenstück zu den Randolph Field Ramblers) an. Barksdale Field hatte bereits 1934 am Klassiker gegen das Texas Military College teilgenommen.

Auch die Service Academies blieben bis 1945 stark, denn beim jährlichen Spiel von Army und Navy traten die beiden besten Teams der AP Poll von 1945 an, und das Spiel wurde zum „Spiel des Jahrhunderts“ erklärt, dem sogar Präsident Harry S. Truman beiwohnte. Doc Blanchard von der Army gewann in jenem Jahr sogar die Heisman Trophy.

Nachdem im folgenden Jahr in den besetzten Ländern kein nennenswerter Widerstand zu verzeichnen war (abgesehen von einigen vereinzelten Sabotageversuchen durch Edelweißpiraten oder japanische Widerstandskämpfer), wurden die meisten amerikanischen Soldaten rasch entlassen, und die Footballteams der Streitkräfte zogen im Wesentlichen mit ihnen ab. Truman erließ die Proklamation 2714, die den Krieg am 31. Dezember 1946 formell beendete.

Ein bemerkenswertes Nachkriegsspiel (das vielleicht bezeichnend dafür war, wie weit die wenigen verbliebenen Service-Teams seit dem magischen Lauf von Iowa Pre-Flight auf Platz 2 der AP Poll von 1943 gefallen waren) fand zwischen der Central State University of Ohio und den Wright Field Kittyhawks statt; obwohl es die erste Saison der CSU als neue vierjährige Institution im Jahr 1947 war, gewann die CSU das Spiel mit einem erstaunlichen Ergebnis von 101:0.