Die Klassifizierung der semitischen Sprachen bleibt umstritten. Bei der Beurteilung der Verwandtschaft einer Sprache mit einer anderen wird der Information, die von einer gemeinsamen Innovation stammt, größeres Gewicht beigemessen als der, die von einem gemeinsamen Archaismus abgeleitet wird. Die Bestimmung, ob es sich bei einem Merkmal um eine Innovation oder einen Archaismus handelt, kann jedoch problematisch sein, da sie vom Verständnis der Vorläufer der zu vergleichenden Sprachen abhängt. Dies kann ein relativ unkomplizierter Prozess sein, wenn die Analyse eine gut belegte Vorgängersprache umfasst, wird aber schwieriger, wenn sie auf der Rekonstruktion einer Protosprache beruht – dem hypothetischen Vorläufer einer Reihe verwandter Sprachen. Viele Aspekte von Protolanguages werden auf der Grundlage eines sorgfältigen Vergleichs der Merkmale der bekannten Nachfolgesprachen postuliert und sind daher eher abgeleitet als diagnostisch.

In Bezug auf die Struktur sind sich die Gelehrten weitgehend über die Hauptgruppen einig: Akkadisch; die nordwestsemitische Gruppe, die die kanaanitische und aramäische Gruppe zusammen mit dem Ugaritischen und Amoritischen umfasst; Arabisch; die altsüdarabischen Sprachen; die modernen südarabischen Sprachen (die nicht von der altsüdarabischen Gruppe abstammen); und Äthiopisch. Einige vertreten eine südsemitische Gruppierung, die sich aus dem modernen Südarabischen und Äthiopischen (sowie möglicherweise dem Arabischen und dem alten Südarabischen) zusammensetzt. Die Stellung des Eblaitischen, das Merkmale sowohl mit dem Akkadischen als auch mit den nordwestsemitischen Sprachen teilt, bleibt umstritten.

Diese Einteilung bildet den Rahmen für Diskussionen über die genetischen Beziehungen zwischen den semitischen Sprachen. Das Akkadische spaltete sich schon sehr früh von den übrigen Sprachen ab und bildete einen ostsemitischen Zweig, der sich von den übrigen westsemitischen Sprachen unterschied. Innerhalb der westsemitischen Sprachen liegt ein kritisches Problem in der Stellung des Arabischen zu den anderen westsemitischen Gruppen: Während die Struktur des arabischen Verbs in vielerlei Hinsicht die der nordwestsemitischen Sprachen widerspiegelt, scheint das Arabische in Bezug auf das Lautsystem und die Wortbildungsprozesse eher mit der äthiopischen und der modernen südarabischen Gruppe verwandt zu sein. Viele Forscher verbinden das Arabische mit der nordwestsemitischen Gruppe, um einen zentralsemitischen Zweig zu bilden; andere betrachten das Arabische als einen separaten Zweig oder als einen Zweig innerhalb der südsemitischen Gruppe.

Im Gegensatz zu den anderen semitischen Sprachen verwenden das Arabische, das Äthiopische und die alt- und neusüdarabische Gruppe regelmäßig „gebrochene“ Wortstämme, um pluralische Substantive zu bilden (siehe unten Substantive und Adjektive). Da es jedoch wahrscheinlich ist, dass gebrochene Plurale in dem einen oder anderen Maße bereits ein Merkmal der ursprünglichen semitischen Sprache waren, kann das Vorhandensein solcher Pluralstrukturen nicht als Beweis für eine besonders enge genetische Verbindung zwischen diesen vier Clustern herangezogen werden. Eine etwas stärkere Unterstützung für einen separaten südsemitischen Zweig kann in Merkmalen wie dem f gesehen werden, das sich im Arabischen, Äthiopischen und den modernen südarabischen Sprachen aus dem frühsemitischen *p entwickelt hat (das Symbol * kennzeichnet Informationen, die eher aus linguistischer Rekonstruktion als aus direkter Bezeugung stammen).

Die Form, die der gegenwärtige imperfektive Verbstamm in den verschiedenen Sprachen annimmt, ist weithin als diagnostisches Merkmal bei der Klassifizierung der semitischen Sprachen verwendet worden (siehe unten Verbalflexion). Wenn die Form der Verbalflexion, die sowohl im Arabischen als auch in den nordwestsemitischen Sprachen zu finden ist, eine innovative Entwicklung darstellt, die diesen Sprachen gemeinsam ist, wird dieses Merkmal eine wertvolle Unterstützung für die Theorie eines intermediären mittelsemitischen Zweigs darstellen.