1898年7月末、米西戦争の一環として、1万3000人のアメリカボランティアと2000人の正規軍がスペインからフィリピンを支配するために到着した。 彼らは約1万3千人のフィリピン革命軍とともに、マニラで1万3千人のスペイン軍と戦った。 アメリカとフィリピン人は、スペインを倒すという共通の目的をもっていたが、その後、フィリピン人は独立を望み、アメリカはフィリピンを領土とすることを望んだ。

マニラのスペイン総督は、自分の状況が絶望的であることを理解していたが、名誉のために、そして本国での軍法会議を避けるために、少なくとも形だけの抵抗をしようとした。 彼はまた、フィリピンの反乱軍が自分の軍隊を虐殺することを恐れていた。 アメリカ側も虐殺を避けたいし、反乱軍が街を奪うことによって得られる政治的正当性を否定したかった。 そこで彼らは密約を交わした。アメリカ人がフィリピン人の侵入を防ぐと約束するならば、スペイン人は最小限の抵抗ですむと。 8月13日、17人のアメリカ兵が死亡し105人が負傷した短い戦闘の後、アメリカ兵はマニラを占領し、フィリピン人を締め出した。

パリ条約の条項により、フィリピンはアメリカの領土となり、独立国とはならなかった。 アメリカ上院はまだこの条約を批准する必要がありましたが、フィリピン人はどうなるのか待ってはくれませんでした。 彼らは、マロロスに首都を置く共和国を設立し、条約を主張するアメリカの企てに抵抗する準備をした。 双方の兵士が心配そうに待つ中、同盟国間の関係は悪化し、乱闘が頻発するようになった。 1899年2月4日の夜、フィリピン軍とアメリカ軍のパトロール隊が、紛争中の村の近くで銃撃戦を繰り広げた。 発砲はすぐに広まり、夜明けにアメリカ軍が攻撃を開始しました。

ワシントンでは、2月6日に上院がパリ条約を僅差で批准しました。

フィリピン解放国民軍は、4万の軍隊と地元の民兵を擁していましたが、訓練、規律、装備に欠けていました。 彼らはまた、無能で経験不足の指導者に悩まされていました。 アメリカ軍は2万人弱で、そのほとんどがスペインとの戦争が終わったので帰国を希望していた州兵でした。 しかし、志願兵たちはよく戦い、2月下旬にはマニラ市内での反乱を鎮圧して、フィリピン軍をマニラから追い出した。 3月末にはマロロスを占領し、フィリピン軍を次々と撃破した。

1899年の夏、作戦は停滞した。 小さなアメリカ軍はマニラの基地から遠く離れた場所で活動するのに苦労していた。 病気と疲労で、いくつかの連隊は60%も減少した。

議会は、フィリピンのために志願兵の部隊を許可することで対応しました。 1898年の州の志願兵とは異なり、これらの部隊は連邦政府によって組織されました。 1899年9月までに、新しい米国義勇軍連隊が、追加された正規軍部隊とともに到着しはじめました。 州兵が去ったことで、アメリカは27,000人弱の有効な兵力を持つことになった。 義勇軍は攻勢をかけ、国民党軍の大部分を破壊し、残りは散り散りにした。 国民党はゲリラ戦に切り替えて対応した。

戦術の変更は彼らにとって有利に働いた。 田んぼ、山、ジャングルが迷路のように入り組んだ地形は、荒れた道とわずかな原始的な道路があるだけで、フィリピン人ゲリラが、慣れない地理と厳しい気候に苦労しているアメリカ人に対して多くの利点を与えていました。 ゲリラは非戦闘員に変装し、民間人に紛れ込み、慈善事業と恐怖を併用して地元住民の支持を確保しました。

米国はまた、部隊を分割し、地域司令部に特定の地域の平定を担当させました。 それは、ゲリラの脅迫から住民を守ること、住民がゲリラに食糧や新兵を提供するのを妨害すること、そして、敵を探すための小部隊のパトロールやブッシュへの急襲のための基地を提供することであった。 部隊の分割は、補給、士気、指揮、統制の問題を引き起こした。 病気と疲労は、多くの小さな守備隊の効果を損なう恐れがあった。 マッキンリー大統領は「フィリピン住民の信頼、尊敬、賞賛を勝ち取る」ことを命じたので、米軍は学校と道路の建設、市場の改修、保健衛生の改善、ゲリラの恩赦など、市民社会の復興にも取り組んだ。 そして、行政サービスを回復させ、徐々に政治的支配をフィリピン人に移した。 このような進展にもかかわらず、戦闘はさらに1年続いた。 新しい司令官であるアーサー・マッカーサー将軍は、ゲリラを罰するために、投獄、国外追放、処刑、財産の没収や破壊をより多く用いることを許可した。

これらの厳しい措置は、公平な待遇と代表的政府の約束を継続するとともに、抵抗運動の背骨を最終的に破壊することとなった。 エリフ・ルート陸軍長官はその公式報告の中で、「反乱は、一方では戦争を悲惨かつ絶望的にし、他方では和平を魅力的なものにすることによって、終結させられたことは明らかである」と結論づけた。 このうち、1,000人が戦死または戦場で受けた傷で死亡し、さらに3,000人が病気やその他の原因で死亡し、さらに3,000人近くが負傷しました。