PMC
Using NEBcutter
NEBcutter は入力配列を受け付けますが、これはペーストすることもローカルファイルから拾い上げることもアクセッション番号を通じてGenBankファイルとして NCBIから取得することも可能です。 表示する ORF のサイズや、使用する制限酵素のセットを選択するための様々なオプションが用意されています。 プログラムは、重なり合ったメチル化によってブロックされる可能性のある部位を除いて、すべての制限酵素の位置を計算し、配列中のORFを見つけます。 そして、配列の模式図、長いORF、Methodsに記載された規則に基づいて、それを一度だけ切断するすべての制限酵素が表示される。 また、初期表示では、表示されている各ORFを切除する完全消化に使用できる酵素が表示される。 図11は典型的な消化物であり、この場合はプラスミドpBR322の線状図である。 元のDNA配列が円形の場合、線状表示と円形表示の両方が提供される。 最初の表示から、お好みの酵素を用いたカスタム消化や、消化物の様々な表示など、さらに多くのオプションがあります。 また、線形表示から、配列の選択した領域を拡大して、より詳細に表示することも可能です。 特定の領域を選択し、その領域に隣接して切断する酵素を表示するオプションもあります。 これは、目的の領域を切り出すことのできる酵素を探すのに有効である。 もし、ズームが<60ヌクレオチドの領域につながれば、実際の配列が、適切な翻訳とともに表示される（図（Fig.2）,2）。 この表示では、配列を切断するすべての酵素が示され、制限酵素認識配列の一部を形成するすべての塩基が強調表示され、酵素名の上にマウスを移動すると認識配列が記されたボックスが現れ、配列自体に下線が引かれた表示になる。 つの主要なORFは、完全なプラスミド配列からそれらを切除するために使用され得る部位（MseIおよびPflMI；BspHIおよびEarI）によって挟まれることに留意されたい。 この表示では、配列を一度切断する酵素のみを示している。
pBR322の短い領域を拡大表示したものです。 赤と青でハイライトされた塩基が制限酵素認識部位の一部を形成していることに注意。 赤は一義的な塩基で、青は縮退した塩基である。 したがって、BsiEIはCGRYCGという配列を認識する。 外側のCG残基は不変であり、内側の塩基は縮退しており、示された特定の配列ではGTである。 黒で示した塩基は、どの制限酵素認識部位にも属さない。 この表示は SNP alleles を区別できる制限酵素を探すのに便利である。
どのメイン表示でも、制限酵素の名前の上にマウスを移動すると、その認識配列と切断する塩基番号が正確に表示される。 もしその酵素の部位が複数ある場合は、他のすべての部位に下線が引かれます。 酵素名をクリックすると、その酵素のメチル化感受性、生成する末端の種類、利用可能なアイソシゾマー、適合する末端を生成できる他の酵素のリストなど、酵素に関する情報の要約が表示されたページが表示されます。 NEB 酵素については、消化条件に関する情報と NEB ウェブサイトへのリンクが提供されています。
NEBcutter の主な特徴は、Dam サイト (GATC), Dcm サイト (CCWGG), CpG サイト、 EcoKI サイト (AACN6GTGC) または EcoBI (TGAN8TGCT) サイトに重なったときに表示される酵素のメチル化感度について REBASE で記録されるものすべてが組み込まれていることです。 理論的消化を行った場合、結果には、シフトするバンドを強調したメチル化の効果の比較が含まれる（Fig. 9292>
Dcmメチルトランスフェラーゼ（認識配列: CCWGG）を発現する大腸菌株でバクテリオファージラムダが増殖した場合の配列に存在するMscIサイト（認識配列：TGGCCA）への重なりDcmメチル化の影響を示す理論的消化物である。 Dcmメチル化によって影響を受ける断片は赤で示されている。 仮想ゲルは、既知のサイズのフラグメントで生成された実験データから生成された三次スプライン曲線の内挿に基づく。
各ページには、メインページに戻る、表示の解釈の手助けをする、またはユーザーが著者にコメントを返すことができるホットリンクが提供されています。 インターフェイスはできるだけ直感的で、DNA を切断しようとする研究者に有用な主要機能に簡単にアクセスできるように設計されています。 現バージョンのNEBcutterは、ユーザーから寄せられた40万件以上の配列を処理してきました。 現在、NEBcutterの多くの機能拡張を準備しており、バージョン2.0は7月1日までにリリースされる予定です。