植物園には、国、ニューヨーク州、米国海洋大気庁（NOAA）からの資金援助を受けて建設され、最大の民間寄付者の名前を冠したファイザー植物研究所があり、2006年に開園した園内の新しい主要研究施設である。

研究所は純粋な研究機関であり、大学や製薬会社で行われる研究よりもプロジェクトは多様である。 この研究室の研究の重点は、植物の発生において遺伝子がどのように機能するかを研究する「植物ゲノム」に置かれています。 ダーウィンの「忌まわしい」謎、すなわち、いつ、どこで、なぜ顕花植物が出現したのか、という疑問に答えることを科学者たちは期待しているのだ。

この研究室では、植物種の進化の歴史や関係を明らかにする証拠としてのDNAを研究する分子系統学という分野も育てています。 また、ニューヨークの移民コミュニティにおける植物の利用や、一部の植物で神経毒が生成される遺伝的メカニズム、人間の神経障害に関連する仕事も研究しています。

この研究室は、世界各地から集まった200人のプロの研究者と42人の博士課程の学生からなるチームです。

1890年以来、ニューヨーク植物園の科学者は、野生の植物を収集するために世界中で約2000回の探検を行いました。

植物生化学研究所では、植物から生化学的化合物を抽出して世界の植物のDNAライブラリーを作り、DNA保管セクションに保管する。20の冷凍庫には、野生では希少で絶滅寸前の種を含む数百万個の標本が保管されている。 また、冬季の停電に備えて、300キロワットの予備発電機も設置しています。