Francisco J. Ayala, in full Francisco José Ayala, (born March 12, 1934, Madrid, Spain), スペイン生まれのアメリカの進化遺伝学者、分子生物学者で、ダーウィニズムと宗教信仰が両立するという哲学的な視点を説いたことで知られています

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アヤラは、両親のフランシスコ・アヤラとソレダッド・アヤラによってマドリッドで育てられました。 1955年にマドリード大学で物理学の学士号を取得した。 1955年から1960年にかけて、サラマンカのサン・エステバン教皇庁で神学を学び、1960年にドミニコ会の司祭に叙階される。

アヤラは、遺伝学者セオドシウス・ドブジャンスキーの指導のもと、コロンビア大学で博士号（1964年）を取得した（遺伝学）。 博士論文はショウジョウバエの遺伝的適性を調べ、進化のスピードが集団内の遺伝的変異の量に依存することを明らかにした。 ロックフェラー大学、プロビデンス大学を経て、1971年にカリフォルニア大学デービス校の遺伝学教授に就任した。 その後、寄生性原生生物の集団構造、繁殖様式、進化に関する研究を通じて、公衆衛生に大きな貢献をしました。

1987年にカリフォルニア大学アーバイン校（UCI）の生物科学教授となり、1989年には同校の哲学教授に就任しました。 また、アヤラは同校に多額の財政寄付を行った。 しかし2018年、4人の女性にセクハラを行ったという疑惑が調査で裏付けられ、辞任に追い込まれた。 さらに、UCIは彼の名前を建物や寄付講座などの様々な栄誉から削除すると発表した。

アヤラはそのキャリアを通じて、米国の公立学校における進化論の教育を擁護し、その努力は進化論の強化に役立った。 科学の授業で進化論と並んで創造論を教えることを義務づけた州法を覆したMcLean v. Arkansas Board of Education (1981)では、専門家証人として活躍した。 1984年と1999年には、『科学と創造論』の主執筆者を務めた。 A View from the National Academy of Sciences（全米科学アカデミーからの視点）』の主執筆者。 また、『ダーウィンが科学と宗教に与えた贈り物』（2007年）では、創造論者の信念は神学的概念に反していると論じている。 例えば、キリスト教の正統的な信仰では、世界は捕食者や病気などのいわゆる「悪」に満ちているにもかかわらず、全能で慈悲深い創造主の存在を仮定している。 そして、これらの欠点を「知的設計者」に帰することは、創造主の全知全能と慈悲深さを疑わせることになると指摘する。

アヤラはアメリカ科学振興協会のメンバーであり、1993年から1996年にかけて同協会の理事長を務めました。 また、米国環境保護庁、国立科学財団、国立衛生研究所の顧問も務めました。 2002年に米国科学メダル、2010年にテンプルトン賞を受賞している。