内部寄生虫は、そのライフサイクルの一部を宿主動物（この場合は馬）で生活する小さな生物である。 宿主の臓器、体腔、組織内に寄生し、宿主を摂食することによって栄養源を得ている。 馬は多くの種類の寄生虫の影響を受ける。 寄生虫が侵入すると、宿主の栄養分や血液が失われ、深刻な医学的問題が発生する。 寄生虫の負担が大きい馬は、栄養分や血液の枯渇による体調不良、成長の低下、繁殖力や運動能力の低下などが見られます。

数多くの内部寄生虫が馬に感染しますが、一般的に大きな健康障害を引き起こすのはごく少数派です。 効果的な寄生虫制御プログラムを確立するには、まず寄生虫のライフサイクルを理解することが重要である。 予防・管理プログラムの成功は、寄生虫のライフサイクルを中断させることで効果を発揮します。 国内の一部の地域では、馬の健康問題を引き起こす主な内部寄生虫は、大型および小型の強皮症、アスカロイド、サナダムシなどの線虫類である。

アスカロイド（Parascaris equorum）、馬回虫は、非常に大きく（雌は長さ15インチまで）、黄白色の寄生虫で、子馬や若馬の糞の中に排出されることがある。 通常、成馬はこの寄生虫に対する免疫を獲得するため、回虫は主に 2 歳未満の若馬に感染します。

回虫のライフサイクルは、感染性の馬が感染卵で汚染された草、飼料または水を消費するときに開始されます。 卵から孵化した幼虫は小腸に潜り込み、静脈を通って肝臓、心臓、そして最終的には肺に移動する。 肺の空隙を移動した後、幼虫は咳き込んで飲み込まれる。 回虫の幼虫は小腸に戻り、そこで卵を産む成虫に成熟し、ライフサイクルが完了する。 ライフサイクルは約3ヶ月かかります。

移動中の馬には、肝臓や肺の組織の炎症や瘢痕化などの物理的なダメージが発生します。 成虫の回虫は、腸の閉塞や腸の破裂により、身体的なダメージを与えることがあります。 その被害は、軽度の消化器系の不調や飼料吸収率の低下から重度の疝痛にまで及びます。

アスカリド感染の臨床症状には、不感症、腹部、荒れた毛並み、成長の遅れが含まれることがあります。 いくつかの若い馬は、幼虫の移動の結果として、咳を伴う鼻汁を開発する。