病気の面では、中世は542年のペストに始まり、1348年の黒死病（ブボン・ペスト）で終わると考えられる。 流行した病気は、ハンセン病、ペスト、天然痘、結核、疥癬、丹毒、炭疽、トラコーマ、発汗症、舞踏病（感染症の項を参照）などがある。 伝染病患者の隔離は、ハンセン病の蔓延に対応して初めて発生した。 この病気は中世、特に13世紀から14世紀にかけて深刻な問題となった。

黒死病というペストの発生は、1347年に南ヨーロッパの地中海の港に達し、3年のうちにヨーロッパ全土に広まった。 ペストの対策は、既知の患者やその疑いのある人、またその人と接触した人を隔離することが主な方法であった。 隔離期間は当初14日程度であったが、次第に40日程度に延長された。 黒死病に刺激され、官憲は伝染病対策として、観察所、隔離病院、消毒などの衛生管理体制を整えた。 水道の整備、ゴミや汚物の処理、食品の検査など、衛生面の整備が行われた。 これらの努力は、特に都市部において重要であった。都市部では、人々は家の周りに多くの動物を飼い、田舎風に密集して生活していた。

中世には、都市の不衛生な状況に対処し、検疫によって病気の蔓延を抑える試み、病院の設立、医療や社会福祉の提供などが行われ、公衆衛生における最初のステップが数多くあった

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