オーケンの著作はすべて、想定された原理の演繹的説明であり、彼は他の超越論学派の哲学者たちとともに、自然のあらゆる神秘の説明に相当するとみなしていた。 彼によれば、頭部は幹の繰り返しであり、手足やその他の付属物を備えた第二の幹のようなものである。この彼の観察と比較の総体（彼が詳細に説明したものはほとんどない）は、オケンの行ったホモロジー解剖学のシェアとこの科学の哲学的分野の他の開拓者の進歩とを比較する際に常に心に留めておかなければならないものである。 頭蓋骨あるいは頭蓋骨の一部と脊椎との間の相似性という考えは、ヨハン・フォン・オーテンリエット（1772-1835）とカール・キールマイヤー（1765-1844）とが講義の中で提唱し発散させていたし、ヨハン-フランク（1745-1821）の著作でも紹介されていた。 オーケンの場合は、主にシェリングの神秘主義的なシステム、すなわち「すべて」と「すべての部分」を説明するために適用された。 この主題に関するオーケンの著作の最初期のものから最新のものまで、「頭部は体幹全体とそのすべてのシステムの繰り返しであり、脳は脊髄、頭蓋は脊椎柱、口は腸と腹部、鼻は肺と胸部、顎は四肢、歯は爪または釘」であった。 ヨハン・フォン・スピクス（1781-1826）は、そのフォリオ『セファロジェネシス』（1818）で、比較頭蓋学を豊富に図解したが、同じ超越的な装いのもとに事実を提示した。ジョルジュ・キュヴィエ（1769-1832）は、シェリングの弟子たちの贅沢さを利用して、サー・リチャード・オーエン（1804-1892）が「一般相似」と呼ぶ原型に対する部分のより高い関係に関する調査全体をばかにしているのである。「8567>

頭蓋骨の脊椎説は、キュヴィエの研究が終わりに近づいたころには、解剖学から事実上消滅していた。 オーウェンの『脊椎動物の骨格の原型と相同性』において、この考えは復活しただけでなく、初めて帰納的に取り組まれ、次のようにその理論が正しく述べられたのである。 「頭部は体幹と等価なものではなく、全身の一部、つまりある種の変化したセグメントでしかない。 顎は最初の2つのセグメントの『血のアーチ』であり、頭部の手足ではない」（176頁）。

しかし、漠然と、そして奇妙なことに、オーケンがこの考えを頭部の性質に関する彼の先験的概念と混ぜ合わせていたので、詩人が本当に自分を欺いていない限り、それを利用するというチャンスがゲーテの道徳的感覚を克服したように思えるのだ。 比較骨学は早くからゲーテの関心を集めていた。 1786年にイエナで発表した論文「Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere」では、顎間骨は人間にも獣にも存在することを明らかにしている。 しかし、この論文には、彼が当時、頭蓋骨の椎骨の類似性についての考えを持っていたことをうかがわせる言葉はまったくない。 1820年、彼は『形態学』の中で初めて、その出版日の30年前に椎骨と頭の骨の間の秘密の関係を発見したこと、そしてこの問題について常に熟考を続けていたことを公にしたのである。 1820年、この詩人が最初のアイデアを思いついたと語る状況は、1807年にオーケンが彼の心に同じ効果をもたらしたと述べた状況と、怪しく類似している。 両者とも偶然に白骨化した頭蓋骨を発見しており、オーケンの場合はハルツの森で鹿の頭蓋骨、ゲーテの場合はベネチアのリド島の海岸で拾った羊の頭蓋骨であった。

1806年にゲッティンゲンのPrivatdozentであったオーケンは、ゲーテのこの未発表のアイデアや発見を何も知らず、詩人に招かれてイェーナに来た若い教授がまさにこのアイデアを主題に選んだ序論を聞いて、初めてオーケンが頭蓋骨の脊椎関係のアイデアを持っていると認識したと考えてよいだろう。

1832年、オーケンはスウェーデン王立科学アカデミーの外国人会員に選ばれた。