Entro la fine di luglio del 1898, 13.000 volontari statunitensi e 2.000 truppe regolari arrivarono per prendere il controllo delle Filippine dagli spagnoli come parte della guerra ispano-americana. Insieme all’esercito rivoluzionario filippino, che contava circa 13.000 unità, affrontarono 13.000 spagnoli a Manila. Gli americani e i filippini condividevano l’obiettivo comune di sconfiggere la Spagna, ma in seguito i filippini volevano l’indipendenza, mentre gli Stati Uniti volevano le Filippine come territorio. Era una differenza destinata a portare al conflitto.

Il governatore spagnolo a Manila si rese conto che la sua situazione era senza speranza, ma voleva opporre almeno una resistenza simbolica per l’onore e per evitare la corte marziale in patria. Temeva anche che i ribelli filippini potessero massacrare le sue truppe. Anche gli americani volevano evitare un massacro, e negare ai ribelli la legittimità politica che avrebbero ottenuto prendendo la città. Così fecero un accordo segreto: gli spagnoli avrebbero offerto una resistenza minima se gli americani avessero promesso di tenere fuori i filippini. Il 13 agosto, dopo una breve battaglia in cui 17 soldati statunitensi furono uccisi e 105 feriti, i soldati americani occuparono Manila e chiusero fuori i filippini.

In base ai termini del Trattato di Parigi, le Filippine divennero un territorio degli Stati Uniti, non un paese indipendente. Il Senato degli Stati Uniti doveva ancora ratificare il trattato, ma i filippini non aspettarono di vedere cosa sarebbe successo. Essi stabilirono una repubblica con capitale a Malolos e si prepararono a resistere a qualsiasi tentativo degli Stati Uniti di far valere il trattato. Mentre i soldati di entrambe le parti aspettavano con ansia, le relazioni tra gli alleati si deteriorarono e i tafferugli divennero comuni. Era solo una questione di tempo prima che scoppiasse la violenza su larga scala.

Nella notte del 4 febbraio 1899, le pattuglie filippine e americane si scambiarono colpi di pistola vicino ad un villaggio conteso. Gli spari si diffusero rapidamente, e all’alba gli americani lanciarono un attacco. Ancora oggi nessuno sa chi ha sparato il primo colpo, ma la guerra era iniziata.

A Washington, il 6 febbraio il Senato ratificò per un pelo il Trattato di Parigi. Avendo formalmente acquistato le Filippine dalla Spagna, gli Stati Uniti dichiararono il loro nuovo possesso in stato di insurrezione.

L’esercito nazionalista di liberazione delle Filippine aveva 40.000 soldati più la milizia locale, ma mancava di addestramento, disciplina ed equipaggiamento. Inoltre soffriva di una leadership incompetente e inesperta. Le truppe statunitensi contavano meno di 20.000 uomini, la maggior parte dei quali erano volontari statali che si aspettavano di tornare a casa ora che la guerra con la Spagna era finita. Ciononostante i volontari combatterono bene e alla fine di febbraio avevano cacciato l’esercito filippino da Manila schiacciando una rivolta all’interno della città stessa. Entro la fine di marzo, avevano catturato Malolos e inflitto una serie di nette sconfitte alle forze filippine.

La campagna rallentò durante l’estate del 1899. La piccola forza degli Stati Uniti ha lottato per operare lontano dalla loro base di Manila. Malattie e fatica ridussero alcuni reggimenti del 60%. Quando la stagione dei monsoni colpì, l’esercito fu sottoposto a pressioni politiche per mandare a casa i volontari statali.

Il Congresso rispose autorizzando una forza di volontari per il servizio nelle Filippine. A differenza dei volontari statali del 1898, queste unità erano organizzate dal governo federale. Nel settembre 1899, i nuovi reggimenti di volontari statunitensi, insieme ad altre unità di regolari, cominciarono ad arrivare. Con la partenza dei volontari statali, gli Stati Uniti rimasero con una forza effettiva di poco meno di 27.000 uomini. Premendo l’attacco, i volontari distrussero gran parte dell’esercito nazionalista, disperdendo il resto. I nazionalisti risposero passando alla guerriglia.

Il cambiamento di tattica funzionò a loro favore. Il terreno, costituito da un labirinto di risaie, montagne e giungle, attraversato solo da sentieri accidentati e poche strade primitive, diede ai guerriglieri filippini numerosi vantaggi sugli americani, che lottavano con la geografia non familiare e il clima rigido.

I nazionalisti si riorganizzarono in comandi regionali, completi di un governo “ombra”, per condurre una guerra di imboscate, incursioni e attacchi a sorpresa progettati per tenere gli americani fuori equilibrio. I guerriglieri si travestivano da non combattenti, si mescolavano con i civili e usavano una combinazione di carità e terrore per assicurarsi l’appoggio delle popolazioni locali. I nazionalisti cercarono di indebolire la volontà americana di combattere e di ottenere una vittoria politica, piuttosto che militare.

Gli Stati Uniti hanno anche diviso le loro truppe, dando ai comandi regionali la responsabilità di pacificare una particolare area. Le truppe presidiavano centinaia di piccole postazioni all’interno o vicino alle città che servivano a tre scopi: proteggere la popolazione dalle intimidazioni della guerriglia, interferire con la capacità della popolazione di fornire cibo e reclute alla guerriglia, e fornire basi per pattuglie di piccole unità e incursioni nella boscaglia alla ricerca del nemico. La divisione delle truppe causò problemi di approvvigionamento, morale, comando e controllo. La malattia e la fatica minacciavano di minare l’efficacia di molte piccole guarnigioni. Tuttavia, la strategia mantenne i guerriglieri in fuga e logorò la loro capacità di combattere.

Il presidente McKinley ordinò alle truppe di “conquistare la fiducia, il rispetto e l’ammirazione degli abitanti delle Filippine”, così le forze statunitensi lavorarono anche per ripristinare la società civile costruendo scuole e strade, ristrutturando i mercati, migliorando la sanità e i servizi igienici e offrendo l’amnistia ai guerriglieri. Ripristinarono i servizi governativi e gradualmente trasferirono il controllo politico ai filippini. Nonostante questi progressi, i combattimenti durarono un altro anno intero. Il nuovo comandante, il generale Arthur MacArthur, permise un uso maggiore di imprigionamento, deportazione, esecuzione e confisca e/o distruzione di proprietà per punire i guerriglieri.

Queste misure più severe, insieme alla continua promessa di un trattamento equo e un governo rappresentativo, alla fine spezzarono la schiena del movimento di resistenza. Gli ultimi grandi comandanti rivoluzionari si arresero nella primavera del 1902; e il 4 luglio gli Stati Uniti proclamarono ufficialmente che l’insurrezione era finita.

Nel suo rapporto ufficiale, il segretario alla guerra Elihu Root concluse: “è evidente che l’insurrezione è stata portata alla fine sia rendendo la guerra penosa e senza speranza da un lato, sia rendendo la pace attraente.”

In definitiva, oltre 126.000 soldati regolari e volontari servirono nelle Filippine tra il 1899 e il 1902. Di questi, 1.000 morirono in battaglia o per ferite ricevute in battaglia, altri 3.000 morirono per malattie e altre cause, e quasi altri 3.000 furono feriti.