Duncan e Isadora Quagmire vengono introdotti in The Austere Academy quando invitano i bambini Baudelaire a condividere il loro tavolo nella mensa della scuola dopo uno spiacevole incontro con la loro presto arcinemica Carmelita Spats. Prendono il nome da Isadora Duncan, una ballerina che morì quando la sua lunga e fluente sciarpa rimase impigliata nella ruota di una macchina, rompendosi il collo. Le loro abilità/interessi sono rapidamente stabiliti: Isadora scrive poesie per diletto, specializzandosi in distici; Duncan è un aspirante giornalista che prende appunti su ciò che lo circonda. Ogni terzetto porta un taccuino ovunque vada. Spiegano che i loro genitori e il fratello Quigley sono morti in un grande incendio e preferiscono essere indicati come terzini; parallelamente ai Baudelaire e alla fortuna dei Baudelaire, stanno per ereditare gli Zaffiri di Quagmire quando saranno maggiorenni. Duncan e Isadora condividono le classi rispettivamente con Violet e Klaus e si sviluppa una stretta amicizia tra i tre gemelli e i Baudelaire. Quando il conte Olaf appare come allenatore Gengis, i Quagmires decidono di coinvolgersi; fanno ricerche sui crimini passati di Olaf nei vecchi giornali della biblioteca scolastica e sgattaiolano via dai concerti del vicepreside Nero per spiare lui e i Baudelaire. L’ultimo tentativo dei Quagmires di aiutare i Baudelaire (sconsigliato, secondo Lemony Snicket) coinvolge i tre gemelli che si travestono da Baudelaire e finisce con Olaf che li rapisce quando fugge dalla Prufrock Preparatory School con l’aiuto delle donne dal volto bianco, con l’intenzione di ottenere gli Zaffiri Quagmire. Prima che vengano portati via, Duncan grida la frase “VFD” a Klaus, dicendo che è qualcosa di terribile che lui e Isadora hanno scoperto mentre facevano ricerche sulla storia di Olaf.

In The Ersatz Elevator, i tre gemelli vengono scoperti chiusi in una gabbia in fondo a un pozzo dell’ascensore inutilizzato e apparentemente inutile al 667 di Dark Avenue, l’indirizzo degli ultimi guardiani dei bambini Baudelaire, Jerome ed Esmé Squalor. Sono descritti come aventi uno “sguardo tormentato”. Sanno poco del piano attuale di Olaf, ma sono in grado di rivelare che ha intenzione di farli uscire di nascosto dalla città. I Baudelaire tornano alla loro casa nell’attico per preparare le fiamme ossidriche per liberare i tre gemelli dalla loro gabbia, ma li trovano spariti quando tornano in fondo al pozzo; la rimozione della loro gabbia rivela il vero scopo del pozzo come un tunnel segreto. Alla fine del libro, Olaf, Esmé e l’Uomo dalle mani a uncino fuggono con successo con i Quagmires, che erano stati nascosti all’interno di un’aringa rossa.

Duncan e Isadora fanno la loro ultima apparizione in Il Vile Villaggio (anche se vengono citati regolarmente per il resto della serie). Il custode del villaggio Hector, con cui i Baudelaire vivono, dopo aver sentito parlare dei Quagmires, dà loro un pezzo di carta su cui è scritto un distico che riconoscono come lo stile poetico di Isadora. Hector dice di aver trovato il foglio ai piedi dell’Albero di Nevermore, dove i corvi che popolano il villaggio si posano ogni notte. Altri distici vengono trovati ai piedi dell’albero durante lo svolgimento della storia e i Baudelaire scoprono presto che i distici, messi insieme, rivelano dove sono stati imprigionati i tre gemelli nel villaggio. I Baudelaire alla fine li liberano e vengono inseguiti insieme ai Baudelaire dagli abitanti del villaggio fino alla periferia della città. Una volta lì, Hector appare nella sua casa mobile in mongolfiera autosufficiente. I tre Quagmire salgono sulla casa in sicurezza, ma i Baudelaire vengono ostacolati nel loro tentativo di fare lo stesso da Esmé Squalor, travestita da ufficiale Luciana, che usa una pistola ad arpione. I tre gemelli gettano i loro quaderni ai Baudelaire e li pregano di leggerli per scoprire il segreto del VFD, ma Esmé distrugge anche i quaderni usando la pistola. Duncan e Isadora volano via in casa con Hector, al sicuro dalle grinfie di Olaf. I loro appunti, ora frammentati, si rivelano essere di qualche aiuto ai Baudelaire per saperne di più sulla V.F.D, su Olaf e sui loro stessi legami con l’organizzazione.

Isadora e Duncan vengono attaccati dalle aquile della V.F.D., che fanno fuori i palloni che li sostengono, proprio mentre si incontrano con Quigley. Di conseguenza, sono stati mandati giù, facendo fuori il Queequeg direttamente sotto di loro. Vengono presi da Il Grande Ignoto.