In termini di malattie, il Medioevo può essere considerato come l’inizio della peste del 542 e la fine della peste nera (peste bubbonica) del 1348. Le malattie in proporzioni epidemiche includevano la lebbra, la peste bubbonica, il vaiolo, la tubercolosi, la scabbia, l’erisipela, il carbonchio, il tracoma, la malattia del sudore e la mania della danza (vedi infezioni). L’isolamento delle persone con malattie trasmissibili è nato in risposta alla diffusione della lebbra. Questa malattia divenne un problema serio nel Medioevo e in particolare nei secoli XIII e XIV.

La peste nera, un’epidemia di peste, raggiunse i porti mediterranei dell’Europa meridionale nel 1347 e in tre anni dilagò in tutta Europa. Il metodo principale per combattere la peste era quello di isolare i casi noti o sospetti e le persone che erano state in contatto con loro. Il periodo di isolamento all’inizio era di circa 14 giorni e gradualmente fu aumentato a 40 giorni. Stimolati dalla peste nera, i funzionari pubblici crearono un sistema di controllo sanitario per combattere le malattie contagiose, utilizzando stazioni di osservazione, ospedali di isolamento e procedure di disinfezione. I maggiori sforzi per migliorare le condizioni igieniche includevano lo sviluppo di forniture di acqua pura, lo smaltimento dei rifiuti e delle acque reflue e l’ispezione degli alimenti. Questi sforzi furono particolarmente importanti nelle città, dove la gente viveva in condizioni affollate in modo rurale con molti animali intorno alle loro case.

Durante il Medioevo furono fatti alcuni primi passi nella sanità pubblica: tentativi di far fronte alle condizioni insalubri delle città e, tramite la quarantena, di limitare la diffusione delle malattie; la creazione di ospedali; e la fornitura di cure mediche e assistenza sociale.