L’amarezza del composto guida la maggior parte delle applicazioni del denatonium. Il denatonium benzoato è usato per denaturare l’etanolo in modo che non sia trattato come una bevanda alcolica per quanto riguarda la tassazione e le restrizioni di vendita. Una denominazione in particolare, SD-40B, indica che l’etanolo è stato denaturato usando il denatonium benzoato.

Il denatonium è comunemente incluso nei farmaci placebo usati negli studi clinici per imitare il gusto amaro di certi farmaci.

Il denatonium scoraggia anche il consumo di alcoli nocivi come il metanolo, e additivi come il glicole etilenico. Il denatonium è usato nell’alcool da sfregamento come ingrediente inattivo. Viene anche aggiunto a molti tipi di liquidi nocivi, compresi i solventi (come il solvente per le unghie), le pitture, le vernici, gli articoli da toilette e altri articoli per la cura personale, lo smalto speciale per prevenire le unghie, e vari altri prodotti per la casa. Viene anche aggiunto a prodotti aerosol meno pericolosi (come gli spolverini a gas) per scoraggiare l’abuso di inalazione dei vapori volatili.

Nel 1995, lo stato americano dell’Oregon ha richiesto che il denatonium benzoato fosse aggiunto ai prodotti contenenti glicole etilenico e metanolo dal sapore dolce come l’antigelo e il liquido lavavetri per prevenire avvelenamenti di bambini e animali. Nel dicembre 2012, i produttori statunitensi hanno accettato volontariamente di aggiungere il denatonium benzoato agli antigelo venduti a livello nazionale.

Gli animali sono noti per avere diverse sensibilità agli effetti del denatonium. È usato in alcuni repellenti per animali (specialmente per grandi mammiferi come i cervi). È stato usato per salvaguardare i veleni per topi dal consumo umano, poiché gli esseri umani sono in grado di rilevare il denatonium a concentrazioni molto più basse dei roditori.

Il gusto repulsivo del denatonium può essere usato come deterrente su prodotti non progettati per il consumo, e/o sono dannosi al momento del consumo. Famosamente, le schede di gioco di Nintendo Switch sono rivestite di denatonium benzoato per evitare che i bambini piccoli le consumino.