I domini sono unità funzionali e/o strutturali distinte in una proteina. Di solito sono responsabili di una particolare funzione o interazione, contribuendo al ruolo generale di una proteina. I domini possono esistere in una varietà di contesti biologici, dove domini simili possono essere trovati in proteine con funzioni diverse.

Per esempio, i domini Src homology 3 (SH3) sono piccoli domini di circa 50 residui di aminoacidi che sono coinvolti nelle interazioni proteina-proteina. I domini SH3 hanno una caratteristica struttura 3D (Figura 4). Sono presenti in una vasta gamma di proteine con funzioni diverse, tra cui proteine adattatrici, fosfatidilinositolo 3-chinasi, fosfolipasi e miosine.

Un esempio di una proteina che contiene più domini SH3 è la proteina citoplasmatica Nck. Nck appartiene alla famiglia delle proteine adattatrici ed è coinvolta nella trasduzione dei segnali dai recettori tirosin-chinasi dei fattori di crescita ai destinatari del segnale a valle. La composizione del dominio di Nck è illustrata nella Figura 5.

Come abbiamo appena visto con Nck, le proteine possono essere composte da più domini. Spesso i singoli domini hanno funzioni specifiche, come legare una particolare molecola o catalizzare una determinata reazione, e insieme questi contribuiscono al ruolo complessivo della proteina (vedi, per esempio, la composizione dei domini dell’enzima fosfolipasi D1 nella figura 6 qui sotto).

La proteina contiene un dominio PX (phox) che è coinvolto nel legame del fosfatidilinositolo, un dominio PH (pleckstrin homology) che ha un ruolo nel puntare l’enzima in particolari punti della cellula, e due domini PLD (fosfolipasi D) responsabili dell’attività catalitica della proteina.