Le quattro principali vie di elaborazione e presentazione dell’antigene sono esogene, endogene, di presentazione incrociata e autofagiche. Le APC professionali inglobano gli antigeni ed esprimono le molecole MHC di classe II e le molecole costimolatorie in modo inducibile o costitutivo. Le DC mature possono attivare cellule Tc e Th ingenue, effettrici e di memoria, mentre i macrofagi e le cellule B presentano l’antigene solo alle cellule T effettrici e di memoria. La maturazione delle DC è innescata dall’impegno di PRR da DAMPs/PAMPs più citochine pro-infiammatorie. Nel percorso esogeno, gli antigeni extracellulari sono internalizzati dalle APC e degradati in peptidi negli endosomi. Questi peptidi sono legati agli MHC di classe II e trasportati alla superficie delle APC per il riconoscimento da parte delle cellule T CD4++ (solitamente Th). Nel percorso endogeno, gli antigeni intracellulari derivati da cellule ospiti infettate o trasformate sono degradati in peptidi dai proteasomi. Questi peptidi sono legati agli MHC di classe I nell’ER e trasportati alla superficie delle cellule bersaglio per il riconoscimento da parte delle cellule T CD8++ (di solito CTL). La presentazione incrociata è la visualizzazione su MHC di classe I di peptidi da antigeni extracellulari. La presentazione autofagica è la visualizzazione su MHC di classe II di peptidi da antigeni intracellulari. Le molecole MHC di classe Ib non classiche presentano i peptidi a sottoinsiemi di cellule T αβ e γδ. Le proteine MHC-like CD1 presentano antigeni a base di lipidi a sottoinsiemi di cellule αβ T, γδ T e NKT.