La salmonellose est une cause majeure de maladie entérique bactérienne chez l’homme et l’animal. Chaque année, on estime à 1,4 million le nombre de cas de salmonellose chez l’homme aux États-Unis (15). Dans environ 35 000 de ces cas, les isolats de Salmonella sont sérotypés par les laboratoires de santé publique et les résultats sont transmis électroniquement aux Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Ces informations sont utilisées par les services de santé locaux et étatiques et par les CDC pour surveiller les tendances locales, régionales et nationales en matière de salmonellose humaine et pour identifier les éventuelles épidémies de salmonellose (1, 5). Au cours des 25 dernières années, le système national de surveillance des salmonelles a fourni des informations précieuses sur l’incidence de la salmonellose humaine aux États-Unis et sur les tendances de sérotypes spécifiques. L’algorithme de détection des épidémies de salmonelles récemment mis en œuvre, autre outil précieux pour la reconnaissance des épidémies (11), permet aux utilisateurs de détecter les augmentations des infections humaines dues à des sérotypes spécifiques de Salmonella. Les activités de surveillance de Salmonella dépendent de la précision de l’identification des sérotypes et sont facilitées par une nomenclature standardisée. Le National Salmonella Reference Laboratory des CDC aide les laboratoires de santé publique des États-Unis à identifier les sérotypes en fournissant des manuels de procédure, des ateliers de formation, des mises à jour et une assistance pour l’identification des isolats problématiques.

Il existe actuellement 2 463 sérotypes (sérovars) de Salmonella (18). Les formules antigéniques des sérotypes de Salmonella sont définies et maintenues par le Centre collaborateur de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) pour la référence et la recherche sur les Salmonella à l’Institut Pasteur, Paris, France (Centre collaborateur de l’OMS), et les nouveaux sérotypes sont répertoriés dans les mises à jour annuelles du schéma de Kauffmann-White (18, 19).

La nomenclature de Salmonella est complexe, et les scientifiques utilisent différents systèmes pour se référer à ce genre et communiquer à son sujet. Cependant, l’uniformité de la nomenclature des Salmonella est nécessaire pour la communication entre les scientifiques, les responsables de la santé et le public. Malheureusement, l’usage actuel combine souvent plusieurs systèmes de nomenclature qui divisent de manière incohérente le genre en espèces, sous-espèces, sous-genres, groupes, sous-groupes et sérotypes (sérovars), ce qui est source de confusion. Le CDC reçoit de nombreuses demandes concernant la nomenclature appropriée des Salmonella pour la communication des résultats et pour l’utilisation dans les publications scientifiques.

La nomenclature du genre Salmonella a évolué depuis le concept initial d’un sérotype-une espèce proposé par Kauffmann (12) sur la base de l’identification sérologique des antigènes O (somatique) et H (flagellaire). Chaque sérotype était considéré comme une espèce distincte (par exemple, S. paratyphi A, S. newport et S. enteritidis) ; ce concept, s’il était utilisé aujourd’hui, donnerait lieu à 2 463 espèces de Salmonella. D’autres propositions taxonomiques ont été fondées sur le rôle clinique d’une souche, sur les caractéristiques biochimiques qui divisent les sérotypes en sous-genres, et enfin, sur la parenté génomique. Les propositions de changements de nomenclature dans le genre ont été résumées précédemment (8, 9, 14).

Le développement déterminant dans la taxonomie de Salmonella a eu lieu en 1973 lorsque Crosa et al. (6) ont démontré par hybridation ADN-ADN que tous les sérotypes et sous-genres I, II et IV de Salmonella et tous les sérotypes d' »Arizona » étaient apparentés au niveau de l’espèce ; ils appartenaient donc à une seule espèce. La seule exception, décrite ultérieurement, est S. bongori, précédemment connue comme la sous-espèce V, qui, par hybridation ADN-ADN, est une espèce distincte (21). Comme S. choleraesuis figurait sur la liste approuvée des noms de bactéries (23) en tant qu’espèce type de Salmonella, il avait la priorité comme nom d’espèce. Le nom « choleraesuis », cependant, fait référence à la fois à une espèce et à un sérotype, ce qui prête à confusion. De plus, le sérotype Choleraesuis n’est pas représentatif de la majorité des sérotypes car il est biochimiquement distinct, étant arabinose et tréhalose négatif (4, 13).

En 1986, le sous-comité des entérobactéries du Comité international de bactériologie systématique au XIVe Congrès international de microbiologie a recommandé à l’unanimité que l’espèce type de Salmonella soit changée en S. enterica (17), nom inventé par Kauffmann et Edwards en 1952 (13), car aucun sérotype ne partage ce nom. En 1987, Le Minor et Popoff, du Centre collaborateur de l’OMS, ont formellement présenté une proposition sous forme de « demande d’avis » à la Commission judiciaire du Comité international de bactériologie systématique (14). La recommandation a été adoptée par le CDC, par Ewing en 1986 dans la 4e édition de Edward’s and Ewing’s Identification of Enterobactericeae (8), et par d’autres laboratoires (16).

Néanmoins, la demande a été rejetée par la Commission judiciaire. Bien que la Commission judiciaire soit généralement en faveur de S. enterica comme espèce type de Salmonella, ses membres ont estimé que le statut de Salmonella sérotype Typhi, l’agent causal de la fièvre typhoïde, n’était pas abordé de manière adéquate dans cette demande d’avis. Ils craignaient que si S. enterica était adoptée comme espèce type, Salmonella sérotype Typhi serait appelée S. enterica subsp. enterica sérotype Typhi et pourrait être oubliée ou négligée par les médecins de la même manière que S. choleraesuis subsp. choleraesuis sérotype Typhi pourrait être négligée. De ce point de vue, il n’y aurait rien à gagner à changer le nom de l’espèce type. La Commission judiciaire a donc décidé de maintenir S. choleraesuis comme espèce type légitime en attendant une demande d’avis modifiée (24). Pour se conformer à cette décision, en 1999, Euzéby (7) a fait une demande modifiée, qui est en cours, pour adopter S. enterica comme espèce type de Salmonella tout en conservant l’espèce « S. typhi » comme exception.

En 1987, Le Minor et Popoff (14) ont également proposé que les sept sous-genres de Salmonella soient appelés sous-espèces (sous-espèces I, II, IIIa, IIIb, IV, V et VI). Le sous-genre III a été divisé en IIIa et IIIb par la parenté génomique et les réactions biochimiques. La sous-espèce IIIa (S. enterica subsp. arizonae) comprend les sérotypes monophasiques « Arizona » et la sous-espèce IIIb (S. enterica subsp. diarizonae) contient les sérotypes diphasiques. Tous les sérotypes « Arizona » avaient été intégrés dans le schéma de Kauffmann-White par Rohde en 1979 (22).