Les bananiers ont été initialement classés par Linné en deux espèces, qu’il a appelées Musa paradisiaca pour celles utilisées comme bananes à cuire (plantains), et M. sapientum pour celles utilisées comme bananes dessert. On a découvert par la suite que ses deux « espèces » étaient en fait des variétés cultivées de l’hybride entre deux espèces sauvages, M. acuminata et M. balbisiana, que l’on appelle aujourd’hui M. × paradisiaca L. La circonscription du taxon moderne M. × paradisiaca comprend donc à la fois le M. paradisiaca originel et M. sapientum, ce dernier étant réduit à un synonyme de M. × paradisiaca.

À l’époque pré-linnéenne, cette banane était nommée « Musa serapionis », par exemple par Maria Sybilla Merian dans sa Metamorphosis insectorum Surinamensium de 1705.

À une certaine époque, pour faire face à la grande diversité des bananes et plantains cultivés, les botanistes ont créé de nombreux autres noms qui sont maintenant considérés comme des synonymes de M. × paradisiaca, tels que M. corniculata Lour…, utilisé pour un groupe de plantains dont les gros fruits ressemblent aux cornes d’un taureau. Les variétés cultivées portent désormais des noms de cultivars, ces derniers étant classés en groupes et sous-groupes. Ainsi, M. × paradisiaca ‘Horn’ est un cultivar appartenant au groupe génomique AAB, sous-groupe des plantains. Voir Liste des cultivars de bananes pour plus d’informations sur la dénomination et la classification des cultivars.