Tous les écrits d’Oken sont des illustrations déductives d’un principe supposé, qu’avec d’autres philosophes de l’école transcendantale, il jugeait égal à l’explication de tous les mystères de la nature. Selon lui, la tête était une répétition du tronc – une sorte de second tronc, avec ses membres et autres appendices ; cette somme d’observations et de comparaisons – dont il n’a jamais donné beaucoup de détails – doit toujours être prise en considération lorsqu’on compare la part prise par Oken dans l’anatomie homologique avec les progrès réalisés par d’autres cultivateurs de cette branche philosophique de la science. L’idée de l’analogie entre le crâne, ou des parties du crâne, et la colonne vertébrale avait déjà été proposée et ventilée dans leurs cours par Johann von Autenrieth (1772-1835) et Carl Kielmeyer (1765-1844), et dans les écrits de Johann Frank (1745-1821). Oken l’utilise principalement pour illustrer le système mystique de Schelling – le « tout-en-tout » et le « tout-en-tout ». Du plus ancien au plus récent des écrits d’Oken sur le sujet, « la tête est une répétition du tronc entier avec tous ses systèmes : le cerveau est la moelle épinière ; le crâne est la colonne vertébrale ; la bouche est l’intestin et l’abdomen ; le nez est les poumons et le thorax ; les mâchoires sont les membres ; et les dents les griffes ou les ongles. » Johann von Spix (1781-1826), dans son folio Cephalogenesis (1818), a richement illustré la craniologie comparative, mais a présenté les faits sous le même aspect transcendantal ; et Georges Cuvier (1769-1832) s’est prévalu des extravagances de ces disciples de Schelling pour ridiculiser toute l’enquête sur ces relations supérieures des parties à l’archétype que Sir Richard Owen (1804-1892) a appelé  » homologies générales. »

La théorie vertébrale du crâne avait pratiquement disparu de la science anatomique lorsque les travaux de Cuvier touchaient à leur fin. Dans l’ouvrage d’Owen, Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton, l’idée n’a pas seulement été ravivée, mais élaborée pour la première fois de manière inductive, et la théorie énoncée à juste titre, comme suit : « La tête n’est pas un équivalent virtuel du tronc, mais n’est qu’une portion, c’est-à-dire certains segments modifiés, de l’ensemble du corps. Les mâchoires sont les  » arcs hémaliques  » des deux premiers segments ; ce ne sont pas des membres de la tête  » (p. 176).

Vaguement et étrangement, cependant, comme Oken avait mêlé cette idée à sa conception a priori de la nature de la tête, la chance de se l’approprier semble avoir vaincu le sens moral de Goethe – à moins que le poète ne se soit trompé lui-même. L’ostéologie comparée avait très tôt attiré l’attention de Goethe. En 1786, il publia à Iéna son essai Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, montrant que l’os intermaxillaire existait aussi bien chez l’homme que chez les brutes. Mais pas un mot de cet essai ne laisse deviner qu’il possédait alors l’idée des analogies vertébrales du crâne. En 1820, dans sa Morphologie, il déclara pour la première fois publiquement que trente ans avant la date de cette publication, il avait découvert le rapport secret entre les vertèbres et les os de la tête, et qu’il avait toujours continué à méditer sur ce sujet. Les circonstances dans lesquelles le poète, en 1820, raconte avoir été inspiré par l’idée originale sont étrangement analogues à celles décrites par Oken en 1807, comme produisant le même effet sur son esprit. Un crâne blanchi est découvert accidentellement dans les deux cas : chez Oken, c’était celui d’un cerf dans la forêt du Harz ; chez Goethe, c’était celui d’un mouton ramassé sur les rives du Lido, à Venise.

On peut supposer qu’Oken, en tant que privatdozent à Göttingen en 1806, ne savait rien de cette idée ou de cette découverte inédite de Goethe, et que celui-ci n’a eu connaissance de l’idée d’Oken sur les relations vertébrales du crâne que lorsqu’il a écouté le discours d’introduction dans lequel le jeune professeur, invité par le poète à Iéna, a choisi cette idée même pour son sujet. Il est incroyable qu’Oken, s’il avait adopté l’idée de Goethe, ou s’il avait eu connaissance d’une anticipation de sa part, ait omis de reconnaître la source – n’ait pas plutôt saisi avec empressement une occasion si appropriée de rendre un gracieux hommage à l’originalité et au génie de son protecteur.

En 1832, Oken a été élu membre étranger de l’Académie royale suédoise des sciences.