À la fin du mois de juillet 1898, 13 000 volontaires américains et 2 000 troupes régulières sont arrivés pour prendre le contrôle des Philippines aux mains des Espagnols dans le cadre de la guerre hispano-américaine. Avec l’armée révolutionnaire philippine, qui comptait environ 13 000 hommes, ils ont affronté 13 000 Espagnols à Manille. Les Américains et les Philippins partageaient l’objectif commun de vaincre l’Espagne, mais ensuite, les Philippins voulaient l’indépendance, tandis que les États-Unis voulaient que les Philippines soient un territoire. C’était une différence qui ne pouvait que mener à un conflit.

Le gouverneur espagnol de Manille se rendait compte que sa situation était désespérée mais voulait opposer une résistance au moins symbolique pour l’honneur et pour éviter une cour martiale chez lui. Il craignait également que les rebelles philippins ne massacrent ses troupes. Les Américains voulaient également éviter un massacre et priver les rebelles de la légitimité politique qu’ils auraient acquise en prenant la ville. Ils ont donc conclu un accord secret : les Espagnols offriraient une résistance minimale si les Américains promettaient de ne pas laisser entrer les Philippins. Le 13 août, après une courte bataille au cours de laquelle 17 soldats américains ont été tués et 105 blessés, les soldats américains ont occupé Manille et exclu les Philippins.

Selon les termes du traité de Paris, les Philippines sont devenues un territoire des États-Unis, et non un pays indépendant. Le Sénat américain devait encore ratifier le traité, mais les Philippins n’ont pas attendu pour voir ce qui allait se passer. Ils ont établi une république avec une capitale à Malolos et se sont préparés à résister à toute tentative des États-Unis de faire valoir le traité. Alors que les soldats des deux camps attendaient anxieusement, les relations entre les alliés se sont détériorées et les échauffourées sont devenues courantes. Ce n’était qu’une question de temps avant que la violence à grande échelle n’éclate.

Dans la nuit du 4 février 1899, des patrouilles philippines et américaines échangent des coups de feu près d’un village contesté. Les tirs se sont rapidement propagés, et à l’aube, les Américains ont lancé une attaque. À ce jour, personne ne sait qui a tiré le premier coup de feu, mais la guerre était lancée.

À Washington, le Sénat a ratifié de justesse le traité de Paris le 6 février. Ayant officiellement acheté les Philippines à l’Espagne, les États-Unis déclarèrent leur nouvelle possession en état d’insurrection.

L’armée nationaliste de libération des Philippines comptait 40 000 hommes plus la milice locale, mais manquait d’entraînement, de discipline et d’équipement. Ils souffraient également d’un leadership incompétent et inexpérimenté. Les troupes américaines comptaient moins de 20 000 hommes, dont la plupart étaient des volontaires de l’État qui espéraient rentrer chez eux maintenant que la guerre avec l’Espagne était terminée. Néanmoins, les volontaires se sont bien battus et fin février, ils ont chassé l’armée philippine de Manille en écrasant une révolte dans la ville même. A la fin du mois de mars, ils avaient capturé Malolos et infligé une série de défaites brutales aux forces philippines.

La campagne ralentit durant l’été 1899. La petite force américaine avait du mal à opérer loin de sa base à Manille. La maladie et la fatigue réduisirent certains régiments de 60 %. Lorsque la saison des moussons a frappé, l’armée a subi des pressions politiques pour renvoyer les volontaires de l’État chez eux.

Le Congrès réagit en autorisant une force de volontaires pour le service des Philippines. Contrairement aux volontaires des États de 1898, ces unités étaient organisées par le gouvernement fédéral. En septembre 1899, les nouveaux régiments de volontaires américains, ainsi que des unités supplémentaires de réguliers, ont commencé à arriver. Avec le départ des volontaires d’État, les États-Unis se retrouvent avec une force effective d’un peu moins de 27 000 hommes. Pressant l’attaque, les volontaires détruisent une grande partie de l’armée nationaliste, dispersant le reste. Les nationalistes ont répondu en passant à la guérilla.

Le changement de tactique a joué en leur faveur. Le terrain, constitué d’un labyrinthe de rizières, de montagnes et de jungles, percé seulement de sentiers accidentés et de quelques routes primitives, donnait aux guérilleros philippins de nombreux avantages sur les Américains, qui luttaient contre la géographie inconnue et le climat rigoureux.

Les nationalistes se réorganisèrent en commandements régionaux, complétés par un gouvernement « fantôme », pour mener une guerre d’embuscades, de raids et d’attaques surprises destinés à maintenir les Américains dans l’embarras. Les guérilleros se déguisaient en non-combattants, se mêlaient aux civils et utilisaient une combinaison de charité et de terreur pour s’assurer le soutien des populations locales. Les nationalistes cherchaient à saper la volonté américaine de se battre et à obtenir une victoire politique, plutôt que militaire.

Les États-Unis ont également divisé leurs troupes, donnant aux commandements régionaux la responsabilité de pacifier une zone particulière. Les troupes occupaient des centaines de petits postes dans les villes ou à proximité qui servaient trois objectifs : protéger la population contre l’intimidation de la guérilla, interférer avec la capacité de la population à fournir de la nourriture et des recrues à la guérilla, et fournir des bases pour les patrouilles de petites unités et les raids dans la brousse à la recherche de l’ennemi. La division des troupes posait des problèmes d’approvisionnement, de moral, de commandement et de contrôle. La maladie et la fatigue menaçaient de saper l’efficacité de nombreuses petites garnisons. Néanmoins, cette stratégie a permis de maintenir les guérilleros en fuite et d’user leur capacité à se battre.

Le président McKinley a ordonné aux troupes de « gagner la confiance, le respect et l’admiration des habitants des Philippines », de sorte que les forces américaines ont également travaillé à restaurer la société civile en construisant des écoles et des routes, en remettant en état les marchés, en améliorant la santé et l’hygiène, et en offrant une amnistie aux guérilleros. Elles ont rétabli les services gouvernementaux et transféré progressivement le contrôle politique aux Philippins. Malgré ces progrès, les combats durent encore une année entière. Le nouveau commandant, le général Arthur MacArthur, autorisa un recours accru à l’emprisonnement, à la déportation, à l’exécution et à la confiscation et/ou à la destruction des biens pour punir les guérilleros.

Ces mesures plus sévères, ainsi que la promesse continue d’un traitement équitable et d’un gouvernement représentatif, finirent par briser les reins du mouvement de résistance. Les derniers grands commandants révolutionnaires se sont rendus au printemps 1902 ; et le 4 juillet, les États-Unis ont officiellement proclamé la fin de l’insurrection.

Dans son rapport officiel, le secrétaire à la Guerre Elihu Root a conclu : « il est évident que l’insurrection a pris fin à la fois en rendant une guerre pénible et sans espoir d’une part et en rendant la paix attrayante. »

En définitive, plus de 126 000 soldats réguliers et volontaires ont servi aux Philippines entre 1899 et 1902. Parmi eux, 1 000 sont morts au combat ou de blessures reçues au combat, 3 000 autres sont morts de maladies et d’autres causes, et près de 3 000 autres ont été blessés.

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