En termes de maladies, on peut considérer que le Moyen Âge commence avec la peste de 542 et se termine avec la peste noire (peste bubonique) de 1348. Les maladies qui prenaient des proportions épidémiques comprenaient la lèpre, la peste bubonique, la variole, la tuberculose, la gale, l’érysipèle, l’anthrax, le trachome, la maladie de la transpiration et la manie de la danse (voir infection). L’isolement des personnes atteintes de maladies transmissibles est apparu pour la première fois en réponse à la propagation de la lèpre. Cette maladie est devenue un problème sérieux au Moyen Âge et particulièrement aux 13e et 14e siècles.

La peste noire, une épidémie de peste, a atteint les ports méditerranéens du sud de l’Europe en 1347 et en trois ans a balayé toute l’Europe. La principale méthode de lutte contre la peste consistait à isoler les cas connus ou suspects ainsi que les personnes qui avaient été en contact avec eux. Au début, la période d’isolement était d’environ 14 jours et a progressivement été portée à 40 jours. Stimulés par la peste noire, les responsables publics ont créé un système de contrôle sanitaire pour lutter contre les maladies contagieuses, en utilisant des postes d’observation, des hôpitaux d’isolement et des procédures de désinfection. Les principaux efforts pour améliorer l’hygiène comprenaient le développement de l’approvisionnement en eau pure, l’élimination des ordures et des eaux usées, et l’inspection des aliments. Ces efforts étaient particulièrement importants dans les villes, où les gens vivaient entassés de manière rurale avec de nombreux animaux autour de leurs maisons.

Au cours du Moyen Âge, un certain nombre de premières mesures de santé publique ont été prises : tentatives de faire face à l’insalubrité des villes et, au moyen de la quarantaine, de limiter la propagation des maladies ; création d’hôpitaux ; fourniture de soins médicaux et d’une assistance sociale.