Johnson serait né avec le nom de famille Garrison, dans la région de la taverne Hickory entre Pattenburg et Little York, près de la frontière de ce qui est aujourd’hui les cantons d’Alexandria et d’Union dans le comté de Hunterdon, New Jersey. Pendant la guerre mexico-américaine, il a servi à bord d’un navire de combat, s’étant engagé sous un faux âge. Après avoir frappé un officier, il a déserté, a changé son nom en John Johnston et a voyagé vers l’ouest pour tenter sa chance dans les mines d’or d’Alder Gulch, dans le territoire du Montana. Il est également devenu un « woodhawk », fournissant du bois de corde aux bateaux à vapeur. Il était décrit comme un homme de grande taille, mesurant environ six pieds deux pouces (1,88 m) en pieds chaussés (mais voir ci-dessous) et pesant dans les environs de 260 livres (120 kg) avec presque aucune graisse corporelle.

Les rumeurs, les légendes et les contes de feu de camp sur Johnson abondent. La principale d’entre elles est peut-être qu’en 1847, sa femme, membre de la tribu amérindienne Flathead, a été tuée par un jeune brave Crow et ses compagnons de chasse, ce qui a incité Johnson à se lancer dans une vendetta contre la tribu. Selon l’historien Andrew Mehane Southerland, « Il aurait tué et scalpé plus de 300 Indiens Crow et aurait ensuite dévoré leurs foies » pour venger la mort de sa femme, et « Au fur et à mesure que sa réputation et sa collection de scalps augmentaient, Johnson devint un objet de crainte. »

Des récits disent qu’il découpait et mangeait le foie de chaque Crow tué. C’est pourquoi on l’a surnommé « Johnson mangeur de foie ». Le fait de manger du foie était une insulte pour les Crows, car ces derniers croyaient que le foie était vital si l’on voulait aller dans l’au-delà. L’histoire de l’obtention de ce nom a été écrite par un diariste de l’époque. Il y avait déjà deux autres Johnsons surnommés, « Pear-Loving Johnson » et « Long Toes Johnson ».

Un conte attribué à Johnson (alors que d’autres sources l’attribuent à Boone Helm) est que lors d’une incursion de plus de cinq cents miles (800 km) au cœur de l’hiver pour vendre du whisky à ses proches Flatheads, il est tombé dans une embuscade tendue par un groupe de guerriers pieds-noirs. Les Blackfoot prévoyaient de le vendre aux Crow, ses ennemis mortels, pour un bon prix. Il a été déshabillé jusqu’à la taille, attaché avec des lanières de cuir et placé dans un tipi avec un seul garde très inexpérimenté. Johnson a réussi à briser les sangles. Il a ensuite assommé son jeune garde d’un coup de pied, a pris son couteau, l’a scalpé, puis lui a rapidement coupé une jambe. Il s’est enfui dans les bois, survivant en mangeant la jambe du pied-noir, jusqu’à ce qu’il atteigne la cabane de Del Gue, son partenaire de piégeage, un voyage d’environ deux cents miles (320 km).

Enfin, Johnson a fait la paix avec les Crow, qui sont devenus « ses frères », et sa vendetta personnelle contre eux a finalement pris fin après 25 ans et des dizaines de guerriers Crow tués. L’Ouest reste cependant un endroit très violent et territorial, en particulier pendant les guerres des Indiens des Plaines au milieu du XIXe siècle. Beaucoup plus d’Indiens de différentes tribus, notamment mais pas seulement les Sioux et les Pieds-Noirs, connaîtront la colère de « Dapiek Absaroka » tueur de Crow et de ses compagnons montagnards.

La cabane habitée par Johnson dans les années 1880 au Montana, déplacée à Red Lodge, Montana et exposée à l’office du tourisme

Johnson rejoint la compagnie H, 2e cavalerie du Colorado, de l’armée de l’Union à St. Louis en 1864 en tant que simple soldat et est honorablement libéré l’année suivante. Dans les années 1880, il a été nommé shérif adjoint à Coulson, Montana, et marshal à Red Lodge, Montana. Selon les dossiers du gouvernement, il mesurait 1,82 m (cinq pieds, onze pouces et trois quarts).

En son temps, il était marin, scout, soldat, chercheur d’or, chasseur, trappeur, colporteur de whisky, guide, adjoint, constable et constructeur de cabanes en rondins, profitant de toute source de travail rémunérateur qu’il pouvait trouver.

Sa dernière résidence était dans une maison pour vétérans à Santa Monica, en Californie. Il y est resté exactement un mois avant de mourir le 21 janvier 1900. Son corps a été enterré dans un cimetière d’anciens combattants de Los Angeles. Toutefois, après une campagne de six mois menée par 25 élèves de septième année et leur professeur, la dépouille de Johnson a été déplacée à Cody, dans le Wyoming, en juin 1974.