La ville de Houston a stabilisé l’extérieur du bâtiment, et les membres de la Houston Aviation Alliance ont travaillé pour sauver l’aérogare. En 1998, la Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), une organisation à but non lucratif, a été créée principalement pour sauver l’aérogare menacée. HAHS a reconnu que le financement et la rénovation devaient être réalisés par phases, et a créé un plan pour restaurer le bâtiment au fil du temps. À la fin de 2003, les entrepreneurs de la HAHS ont terminé l’élimination de l’amiante et du plomb dans l’aile nord de l’aérogare. Le processus d’abattement a enlevé le plâtre d’origine des murs intérieurs, laissant intacts les murs-rideaux en carreaux non porteurs de l’aérogare.

L’aile nord de l’aérogare a été ouverte au public en février 2004 comme première phase du musée. L’aile nord restaurée de l’aérogare a abrité la collection du musée et la boutique de cadeaux et a servi de base d’opérations du musée pendant l’achèvement de la collecte de fonds et la restauration du reste du bâtiment.

Le reste du bâtiment a terminé l’élimination de l’amiante en mai 2008 et la reconstruction de l’atrium et de la mezzanine en février 2009. L’ensemble de l’étage inférieur sera restauré dans son état d’origine lorsque les fonds le permettront. Le musée s’étendra et occupera tout le premier étage de l’aérogare, puis commencera la rénovation des étages supérieurs.

L’American Institute of Aeronautics &Astronautics (AIAA) a désigné le musée de l’aérogare de 1940 comme un site aérospatial historique. L’aérogare de 1940 est le 35e site aérospatial de l’AIAA reconnu comme un exemple rare d’architecture aéroportuaire Art déco classique. En février 2010, la Houston Aeronautical Heritage Society a reçu un Good Brick Award pour l’excellence de la préservation du 1940 Air Terminal Museum. Les prix Good Brick sont décernés chaque année par la Greater Houston Preservation Alliance. En 2008, le Houston Press a déclaré que l’aérogare était le « meilleur morceau d’histoire de l’aviation ».

En 2008, la HAHS a obtenu une licence pour le plus ancien hangar du terrain de l’aéroport Hobby, un hangar de maintenance de la flotte Great Silver de 1929. L’organisation utilisera ce hangar pour exposer de plus grandes pièces de la collection, comme deux simulateurs, et la collection d’avions de HAHS, qui comprend un Lockheed Lodestar 1943 executive businessliner, et un hélicoptère S-58 Sikorsky qui a été équipé pour le transport lourd civil.