Vuonna 1964 W39AA, Bowling Greenissä, Ohiossa sijaitsevan WBGU-TV:n kääntäjä, ilmoittautui ilmaan kanavalla 39. Ennen vuotta 1974 Fort Wayne oli ollut ainoa Indianan alue, jolla ei ollut mahdollisuutta saada PBS:n ohjelmia edes kaapelikanavilla (PBS:n vakiokäytäntönä oli tarjota ohjelmia kaupallisille asemille markkinoilla, joilla ei ollut PBS:n jäsenasemia, mutta mitään todisteita verkon ohjelmien kuljettamisesta Fort Wayneen ei ole toistaiseksi löytynyt); W39AA:n lähetysalue rajoittui yleensä Fort Waynen välittömään läheisimpään läheisyyteen, sillä sen lähetysalueet eivät olleet riittävän tehokkaita kattamaan koko markkinoita. Tämä heikkotehoinen toistinasema oli pelkkä sijaiskanava, koska kanava 39 varattiin Fort Wayneen täyden tehon opetuskanavaksi. 1980-luvun alussa asemasta tuli Indianapolisin PBS-aseman WFYI:n kääntäjä.

Maaliskuun 12. päivänä 1985 paikallinen julkinen televisioryhmä sai FCC:ltä kanavapaikan kanavalta 39 ja myönsi asemalle lisenssin WFWA-kutsukirjaimilla; WFWA aloitti toimintansa 5. joulukuuta 1986, jolloin Koillis-Indiana sai ensimmäistä kertaa oman PBS-aseman.

Vuonna 2003 WFWA:sta tuli Fort Waynen markkinoiden ensimmäinen televisioasema, joka lähetti digitaalista signaalia, ja alun perin se välitti kansallista PBS:n HDTV-syöttöä erillisellä alikanavalla tavanomaisesta ohjelmatarjonnastaan; myöhemmin rahoituskysymykset aiheuttivat sen, että kansallinen HD-syöttö vedettiin pois, ja kaikki ohjelmat jäivät standarditarkkuuteen useiksi vuosiksi. Ilmoitettiin, että WFWA:n pääkanava 39.1 lähettäisi teräväpiirtolähetyksiä täysipäiväisesti jossain vaiheessa kesän 2010 aikana. Kesän 2010 lupaustauon aikana pääjohtaja Bruce Haines ilmoitti, että muutos tapahtuisi 4. heinäkuuta 2010 kello 19.30. Videopakkauksen kehittymisen ansiosta asema pystyi päivittämään pääkanavansa teräväpiirtoon ilman, että sen kolmen muun SD-alakanavan videolaatu olisi kärsinyt.

Toukokuussa 2013 asema ilmoitti, että se aikoo järjestää varainkeruun infrastruktuurinsa päivittämiseksi seuraavien kolmen vuoden aikana, mukaan lukien signaalin vahvistaminen, etätuotantolaitteiden hankkiminen ja parannukset aseman päävalvontakeskukseen.