Salmonelloosi on merkittävä bakteeriperäisten suolistosairauksien aiheuttaja sekä ihmisillä että eläimillä. Yhdysvalloissa esiintyy vuosittain arviolta 1,4 miljoonaa salmonelloositapausta ihmisillä (15). Noin 35 000 näistä tapauksista salmonellan isolaatit serotyypitetään kansanterveyslaboratorioissa, ja tulokset toimitetaan sähköisesti CDC:lle (Centers for Disease Control and Prevention). Paikalliset ja osavaltioiden terveysviranomaiset sekä CDC käyttävät näitä tietoja seuratakseen ihmisten salmonelloosin paikallisia, alueellisia ja kansallisia kehityssuuntauksia ja havaitakseen mahdollisia salmonelloosipesäkkeitä (1, 5). Viimeisten 25 vuoden aikana kansallinen salmonellaseurantajärjestelmä on tuottanut arvokasta tietoa ihmisten salmonelloosin esiintyvyydestä Yhdysvalloissa ja tiettyjen serotyyppien suuntauksista. Äskettäin käyttöön otettu Salmonella Outbreak Detection Algorithm on toinen arvokas väline tautipesäkkeiden tunnistamiseksi (11), ja sen avulla käyttäjät voivat havaita tiettyjen salmonellan serotyyppien aiheuttamien ihmisten tartuntojen lisääntymisen. Salmonellavalvonta riippuu serotyyppien tunnistamisen tarkkuudesta, ja standardoitu nimikkeistö helpottaa sitä. CDC:n kansallinen salmonellan vertailulaboratorio avustaa Yhdysvaltojen kansanterveyslaboratorioita serotyyppien tunnistamisessa tarjoamalla menettelytapaohjeita, koulutusseminaareja, päivityksiä ja apua ongelmaisolaattien tunnistamisessa.

Salmonellan serotyyppejä (serovareja) on tällä hetkellä 2 463 (18). Salmonellan serotyyppien antigeenikaavat määrittelee ja ylläpitää Maailman terveysjärjestön (WHO) Salmonellan viite- ja tutkimuskeskus Pasteur-instituutissa, Pariisissa, Ranskassa (WHO:n yhteistyökeskus), ja uudet serotyypit luetellaan Kauffmann-Whiten järjestelmän vuotuisissa päivityksissä (18, 19).

Salmonellan nimikkeistö on monimutkainen, ja tutkijat käyttävät eri järjestelmiä viitatakseen ja kommunikoidakseen tästä suvusta. Salmonella-nimikkeistön yhtenäisyys on kuitenkin välttämätöntä tutkijoiden, terveysviranomaisten ja yleisön välisen viestinnän kannalta. Valitettavasti nykyisessä käytössä on usein yhdistetty useita nomenklatuurijärjestelmiä, jotka jakavat suvun epäjohdonmukaisesti lajeihin, alalajeihin, alasukuihin, ryhmiin, alaryhmiin ja serotyyppeihin (serovareihin), mikä aiheuttaa sekaannusta. CDC saa paljon tiedusteluja, jotka koskevat asianmukaista Salmonella-nimikkeistöä tulosten raportoinnissa ja tieteellisissä julkaisuissa käytettäväksi.

Salmonellan suvun nimikkeistö on kehittynyt Kauffmannin (12) alun perin ehdottamasta yhden serotyypin ja yhden lajin käsitteestä, joka perustui O- (somaattisten) ja H- (lippulaaristen) antigeenien serologiseen tunnistamiseen. Jokaista serotyyppiä pidettiin erillisenä lajina (esimerkiksi S. paratyphi A, S. newport ja S. enteritidis); jos tätä käsitettä käytettäisiin nykyään, se johtaisi 2 463 salmonellalajiin. Muut taksonomiset ehdotukset ovat perustuneet kannan kliiniseen rooliin, biokemiallisiin ominaisuuksiin, jotka jakavat serotyypit alasukuihin, ja viime kädessä genomiseen sukulaisuuteen. Suvun nimistönmuutosehdotuksista on tehty yhteenveto aiemmin (8, 9, 14).

Salmonellan taksonomian ratkaiseva kehitys tapahtui vuonna 1973, kun Crosa ym. (6) osoittivat DNA-DNA-hybridisaation avulla, että Salmonellan kaikki serotyypit ja alasuvut I, II ja IV sekä kaikki ”Arizonan” serotyypit olivat sukua keskenään lajin tasolla; ne kuuluivat siis yhteen lajiin. Ainoa poikkeus, joka on sittemmin kuvattu, on S. bongori, joka tunnettiin aiemmin alalajina V ja joka DNA-DNA-hybridisaation perusteella on erillinen laji (21). Koska S. choleraesuis esiintyi hyväksyttyjen bakteerien nimien luettelossa (23) Salmonellan tyyppilajina, se oli ensisijainen lajinimi. Nimi ”choleraesuis” viittaa kuitenkin sekä lajiin että serotyyppiin, mikä aiheuttaa sekaannusta. Lisäksi serotyyppi Choleraesuis ei edusta suurinta osaa serotyypeistä, koska se on biokemiallisesti erilainen, sillä se on arabinoosi- ja trehaloosinegatiivinen (4, 13).

Kansainvälisen systemaattisen bakteriologian komitean (International Committee on Systematic Bacteriology) Enterobacteriaceae-alakomitea suositteli vuonna 1986 XIV kansainvälisessä mikrobiologian kongressissa yksimielisesti, että Salmonellan tyyppilajiksi muutetaan Kauffmannin ja Edwardsin vuonna 1952 keksimä nimi S. enterica (17) (13), koska yksikään serotyyppi ei jaa tätä nimeä. Vuonna 1987 WHO:n yhteistyökeskuksen Le Minor ja Popoff tekivät virallisen ehdotuksen ”lausuntopyyntönä” kansainvälisen systemaattisen bakteriologian komitean oikeudelliselle komitealle (14). Suosituksen hyväksyivät CDC, Ewing vuonna 1986 Edward’s and Ewing’s Identification of Enterobactericeae -teoksen neljännessä painoksessa (8) ja muut laboratoriot (16).

Tuomarikomissio kuitenkin hylkäsi pyynnön. Vaikka oikeudellinen toimikunta yleisesti ottaen kannatti S. entericaa salmonellan tyyppilajina, sen jäsenet katsoivat, että tässä lausuntopyynnössä ei käsitelty riittävästi salmonellan serotyypin Typhi, lavantaudin aiheuttajan, asemaa. Jäsenet olivat huolissaan siitä, että jos S. enterica hyväksytään tyyppilajiksi, Salmonella serotyyppi Typhi nimettäisiin S. enterica subsp. enterica serotyyppi Typhi:ksi, ja lääkärit saattaisivat jättää sen huomiotta tai jättää sen huomiotta samalla tavalla kuin S. choleraesuis subsp. choleraesuis serotyyppi Typhi saatetaan jättää huomiotta. Tästä näkökulmasta katsottuna tyyppilajin nimen muuttaminen ei hyödyttäisi mitään. Sen vuoksi oikeudellinen toimikunta päätti, että S. choleraesuis säilytetään laillisena tyyppilajina, kunnes muutettu lausuntopyyntö on esitetty (24). Tämän päätöksen noudattamiseksi Euzéby (7) esitti vuonna 1999 muutetun pyynnön, joka on vireillä, jotta S. enterica hyväksyttäisiin Salmonellan tyyppilajiksi ja säilytettäisiin poikkeuksellisesti laji ”S. typhi”.

Le Minor ja Popoff (14) ehdottivat vuonna 1987 niin ikään, että Salmonellan seitsemästä alasuvusta käytettäisiin nimitystä alalaji (alalajit I, II, IIIa, IIIb, IV, V ja VI). Alasuku III jaettiin genomisen sukulaisuuden ja biokemiallisten reaktioiden perusteella alalajeihin IIIa ja IIIb. Alalaji IIIa (S. enterica subsp. arizonae) sisältää monophasiset ”Arizona”-serotyypit ja alalaji IIIb (S. enterica subsp. diarizonae) sisältää difaasiset serotyypit. Rohde sisällytti kaikki ”Arizona”-serotyypit Kauffmann-Whiten järjestelmään vuonna 1979 (22).