Intialaiset rauhanturvajoukot lähtivät. Tulitauko katkesi ja Sri Lankan hallituksen ja LTTE:n välille syttyi täysimittainen sota. LTTE ”värväsi” tuhansia nais- ja lapsisotilaita, ja se taisteli 235 000 hallituksen joukkoja vastaan pattitilanteeseen. LTTE:stä tuli yksi maailman pelätyimmistä ja tehokkaimmista puolisotilaallisista järjestöistä.

Ceylonista (kuten Sri Lankaa tuolloin kutsuttiin) tuli Britannian kansainyhteisön hallintoalue vuonna 1948.

Uusi hallitus hyväksyi tamilien vastaisen lainsäädännön. Ceylonin kansalaisuuslaki kielsi kansalaisuuden intialaista alkuperää olevilta tamileilta (noin 800 000 vuokrattua työläistä, jotka britit toivat Etelä-Intiasta työskentelemään kumi-, tee- ja kahvitiloille, kun singaleesienemmistö kieltäytyi työskentelemästä ulkomaalaisten omistamilla plantaaseilla). Sinhalaisten lisäksi myös vähemmistönä olevat alkuperäisväestön tamilit (jotka olivat yliedustettuina kristillisessä hallinto- ja toimihenkilöeliitissä, jonka britit olivat palkanneet johtamaan maata) olivat väheksyneet tamileja. Ceylonin muutoslaki (Ceylon Amendment Act) poisti plantaasitamileilta äänioikeudet, mikä vähensi tamileiden osuutta äänivallasta uudessa lainsäädäntöelimessä.

Maan etniset ja uskonnolliset konfliktit kärjistyivät, kun kilpailu vauraudesta ja työstä kiihtyi juuri itsenäistyneessä maassa. Sinhalaiset, jotka tunsivat katkeruutta asemastaan brittien alaisuudessa, halusivat vahvistaa uudelleen kulttuuriaan, kieltään, koulujaan ja buddhalaista uskontoaan.

Sinhala Only Official Languages Act hyväksyttiin, mikä teki sinhalaisten kielestä kansalliskielen ja käytännössä varasi parhaat työpaikat sinhalaisille. Tämä ”vain sinhala” -laki oli osittain suunniteltu korjaamaan valtaa koskevaa epätasapainoa sinhalaisten enemmistön ja englantia puhuvan, kristillisesti koulutetun eliitin välillä. Kun lakiesitys esiteltiin, tamilipoliittisten johtajien kimppuun hyökättiin nelipäiväisessä mellakassa, jossa kuoli yli 100 tamilaista. Laki rajoitti monien tamilinuorten koulutus- ja työmahdollisuuksia. Tämän seurauksena tamilihinduvähemmistö alkoi ajaa liittovaltiohallintojärjestelmää, johon sisältyisi suurempi autonomia pääasiassa tamilialueilla pohjoisessa ja idässä.

BC-sopimus allekirjoitettiin tamilien etujen suojelemiseksi alueellisella autonomiapaketilla. Sopimus solmittiin singaleesiläisen pääministerin Bandaranaiken ja tamilijohtaja Chelvanayakamin välityksellä, mutta se purettiin singaleesiläisten äärikansallismielisten ääriainesten painostuksesta (jotka itse olivat buddhalaisen fundamentalistipapiston kannustamia). Vuonna 1959 buddhalaismunkki murhasi Bandaranaiken (BC-sopimuksen ”B:n”).

Tamilien vastaiset mellakat puhkesivat, kun tamilit ajettiin pois etelästä.

Taloudellisten olosuhteiden paheneminen loi pohjan syvälle luokkaerottelulle singaleesien keskuudessa ja hallituksen vastaiselle kapinalle. Kymmenettuhannet koulutetut, työttömät singaleesiläiset nuoret aikuiset olivat liittyneet JVP:hen (Kansan vapautusarmeija). Vuonna 1971 he tarttuivat aseisiin hallitusta vastaan. Sri Lankan armeija vastasi tappamalla yli 25 000 nuorta. Rajanin tuleva aviomies Dayapala pidätettiin, kidutettiin ja passitettiin eristyssellissä tuona aikana.

Ceylon nimettiin virallisesti uudelleen Sri Lankan tasavallaksi. Perustuslaissa buddhalaisuudesta tehtiin virallisesti maan pääuskonto. Tamilien opiskelupaikkoja yliopistoissa vähennettiin. Sitä seuranneet kansalaislevottomuudet johtivat poikkeustilaan tamilialueilla, ja singaleesiläiset turvallisuusjoukot panivat täytäntöön monia syrjiviä lakeja. Tämän seurauksena syntyi suuri määrä militantteja tamiliryhmiä.

Tamilitiikerien nimellä tunnettu LTTE (The Liberation Tigers of Tamil Eelam) perustettiin taistelemaan itsenäisen tamilivaltion puolesta. 1970-luvun lopulla hallitus otti käyttöön ankaran terrorismin ehkäisemistä koskevan lain. Sen nojalla pidätettiin tuhansia tamilinuoria.

LTTE hyökkäsi väijytyksestä armeijan saattueen kimppuun tappaen 13. Uutiset kaatuneista singaleesisotilaista saivat aikaan tamilien vastaisen riehunnan Colombossa ja muualla. Sinhalesialaisjoukot tappoivat ilkeästi tuhansia tamileja ja tuhosivat omaisuutta pogromin kaltaisissa hyökkäyksissä. Armeija ja vaaleilla valitut virkamiehet eivät tehneet mitään estääkseen sitä. Yli 2 500 ihmistä sai surmansa. Sitä seuranneessa etnisessä kriisissä puoli miljoonaa tamilia lähti maasta etsimään turvaa Intiasta ja muualta.

Srilankan hallitus ryhtyi vastatoimiin tamilitaistelijoita vastaan, jotka olivat saaneet aseita ja koulutusta Intiasta. Huhtikuussa 1987 hallitus aloitti Operaatio Vapautus -operaation, joka oli mattopommitus maan pohjois- ja itäosissa. Hallitus vastasi lukemattomia kidutus- ja katoamistapauksia koskevaan kritiikkiin väittämällä, että sen oli puolustettava itseään taistelijoita vastaan. Aseistautunut separatistinen LTTE nousi tamilien vapautusliikkeiden ykköseksi eliminoimalla kaikki muut ryhmät, tarvittaessa väkivaltaisesti.

Intia ja Sri Lanka allekirjoittivat sopimuksen konfliktin lopettamiseksi. Intian rauhanturvajoukot (IPKF) lähetettiin saarelle lopettamaan vihollisuudet ja valvomaan tamilitaistelijoiden aseiden luovuttamista samalla kun diplomaatit yrittivät neuvotella tulitauosta. Sen sijaan puhkesi uusi konflikti, tällä kertaa rauhanturvaajien ja LTTE:n välillä.

Maan eteläosassa oli toinen JVP:n kapina. Kolme vuotta kestäneenä kauhun valtakautena hallituksen tappojoukot ja JVP:n äärinationalistiryhmät ottivat kohteekseen monia vasemmistoaktivisteja, ja arviolta 60 000 kuoli tai katosi.

Rajani ja muutama läheinen kollegansa perustivat University Teachers for Human Rights (UTHR) -yhdistyksen dokumentoidakseen ihmisoikeusloukkauksia, joita konfliktin kaikki osapuolet tekivät. He kokosivat yksityiskohtaiset todistuksensa julmuuksista käsikirjoitukseensa ”The Broken Palmyra.”

Rajani ammuttiin vain kuukausia sen jälkeen, kun LTTE oli solminut sopimuksen Sri Lankan hallituksen kanssa ja julistanut tulitauon.

Intialaiset rauhanturvajoukot lähtivät. Tulitauko katkesi ja Sri Lankan hallituksen ja LTTE:n välille puhkesi täysimittainen sota. LTTE ”värväsi” tuhansia nais- ja lapsisotilaita, ja se taisteli 235 000 hallituksen joukkoja vastaan pattitilanteeseen. LTTE:stä tuli yksi maailman pelätyimmistä ja tehokkaimmista puolisotilaallisista järjestöistä.

Norja välitti virallisen mutta hauraan tulitauon hallituksen ja LTTE:n välille.

Jatkuvat rauhanneuvottelut kariutuivat.

Joulukuun tsunami katkaisi hallituksen ja LTTE:n suhteiden syöksykierteen alaspäin, mutta vain väliaikaisesti.

Väkivallan kiihtymiseen puuttumiseksi sekä LTTE että Sri Lankan hallitus vahvistivat helmikuussa 2006 Genevessä käydyissä neuvotteluissa uudelleen sitoutumisensa vuoden 2002 tulitaukosopimukseen, mutta LTTE vetäytyi neuvottelujen toiselta kierrokselta, kun heidän kuljetustensa turvallisuudesta syntyi kiistaa. Huhtikuussa 2006 Sri Lankan hallitus syytti LTTE:tä Colombossa sijaitsevaan armeijan päämajaan tehdystä itsemurhapommi-iskusta, jossa armeijan päällikkö loukkaantui vakavasti. Vastineeksi hallitus käynnisti kaksipäiväisen ilmaiskun kapinallisia vastaan. LTTE ei ole myöntänyt tehneensä itsemurhapommi-iskua eikä murhannut ulkoministeri Lakshman Kadirgamaa viime elokuussa, mutta sitä on syytetty molemmista tapahtumista. Toukokuuhun 2006 mennessä Sri Lankassa on kuollut lähes 64 000 ihmistä ja miljoona ihmistä on joutunut jättämään kotinsa. Yhdysvallat on luokitellut LTTE:n terroristiryhmäksi, joka on pääasiallisesti vastuussa väkivaltaisuuksista, ja pitää Sri Lankan hallitusta yhteistyökumppanina Yhdysvaltojen terrorismin vastaisessa sodassa.