Johnsonin kerrotaan syntyneen sukunimellä Garrison Hickory Tavernin alueella Pattenburgin ja Little Yorkin välillä, lähellä nykyisen Alexandrian ja Union Townshipsin rajaa Hunterdonin piirikunnassa New Jerseyssä. Meksikon ja Amerikan sodan aikana hän palveli taistelulaivalla ilmoittautuneena väärän ikäisenä. Lyötyään upseeria hän karkasi, muutti nimensä John Johnstoniksi ja matkusti länteen kokeilemaan taitojaan kullankaivussa Alder Gulchissa Montanan territoriossa. Hänestä tuli myös ”woodhawk”, joka toimitti narupuuta höyrylaivoille. Häntä kuvailtiin suurikokoiseksi mieheksi, joka oli noin 1,88 metriä pitkä (1,88 m) sukkajaloin (mutta ks. alla) ja painoi noin 120 kiloa (260 paunaa), eikä hänellä ollut juuri lainkaan rasvaa.

Johnsonista liikkuu runsaasti huhuja, legendoja ja leirinuotiotarinoita. Ehkä tärkein niistä on se, että vuonna 1847 hänen vaimonsa, joka kuului Flathead-intiaaniheimoon, kuoli nuoren Crow-urhon ja hänen metsästäjätovereidensa toimesta, mikä sai Johnsonin aloittamaan kostoretken heimoa vastaan. Historioitsija Andrew Mehane Southerlandin mukaan ”hän oletettavasti tappoi ja skalpeerasi yli 300 Crow-intiaania ja söi sitten heidän maksansa” kostaakseen vaimonsa kuoleman, ja ”kun hänen maineensa ja skalpikokoelmansa kasvoivat, Johnsonista tuli pelon kohde.”

Kertomusten mukaan hän leikkasi ja söi jokaisen tapetun Crowin maksan. Tämä johti siihen, että hänet tunnettiin nimellä ”maksansyöjä-Johnson”. Maksan syöminen oli loukkaus variksia kohtaan, koska varikset uskoivat maksan olevan elintärkeä, jos halusi siirtyä tuonpuoleiseen. Tarinan siitä, miten hän sai nimensä, kirjoitti aikanaan eräs päiväkirjailija. Johnsoneilla oli jo kaksi muuta lempinimeä, ”Pear-Loving Johnson” ja ”Long Toes Johnson”.

Eräs Johnsonille liitetty tarina (kun taas toiset lähteet liittävät sen Boone Helmille) kertoo, että kun hän oli yli 800 kilometrin (500 mailin) mittaisella retkellä keskellä talvea myydäkseen viskiä Flathead-sukulaisilleen, joukko mustajalkasotureita väijyi häntä. Mustajalkaväki aikoi myydä hänet Crowille, hänen kuolemanvihollisilleen, komeaa hintaa vastaan. Hänet riisuttiin vyötäröä myöten, sidottiin nahkanauhoilla ja pantiin tiipipeen, jossa oli vain yksi hyvin kokematon vartija. Johnson onnistui murtautumaan hihnojen läpi. Sitten hän tyrmäsi nuoren vartijansa potkulla, otti tämän veitsen, skalpeerasi hänet ja katkaisi sitten nopeasti toisen hänen jaloistaan. Hän pakeni metsään ja selviytyi syömällä mustajalkasoturin jalan, kunnes saavutti ansapyyntikumppaninsa Del Guen mökin, noin 320 kilometrin matkan.

Lopulta Johnson solmi rauhan crowien kanssa, joista tuli ”hänen veljiään”, ja hänen henkilökohtainen kostoretkensä heitä vastaan päättyi vihdoin 25 vuoden ja kymmenien tapettujen crow-sotureiden jälkeen. Länsi oli kuitenkin edelleen hyvin väkivaltainen ja aluevaltainen paikka, erityisesti 1800-luvun puolivälin tasankojen intiaanisotien aikana. Monet muutkin eri heimojen intiaanit, erityisesti mutta ei ainoastaan siouxit ja blackfootit, saivat kokea ”Dapiek Absaroka” Crow-tappajan ja hänen vuoristomiestensa vihan.

Johnsonin 1880-luvulla Montanassa asuttama mökki, joka on siirretty Red Lodgeen, Montanaan ja joka on esillä matkailutoimistossa

Johnson liittyi St. Louisissa vuonna 1864 sotamiehenä Unionin armeijan komppania H:n, 2. Coloradon ratsuväkijoukkojen osastoon vuonna 1864, ja hänet kotiutettiin kunniallisesti seuraavana vuonna. 1880-luvulla hänet nimitettiin apulaissheriffiksi Coulsoniin, Montanaan, ja kaupungin seriffiksi Red Lodgeen, Montanaan. Hallituksen tietojen mukaan hän oli 1,82 metriä pitkä.

Aikanaan hän toimi merimiehenä, tiedustelijana, sotilaana, kullanetsijänä, metsästäjänä, ansanpyytäjänä, viskikauppiaana, oppaana, apulaisseriffinä, konstaapelina ja hirsitalonrakentajana hyödyntäen mitä tahansa tulonlähdettä, jonka hän löysi.

Viimeinen asuinpaikkansa oli veteraanien asuintalossa Kalifornian Santa Monicassa. Hän oli siellä tasan kuukauden ennen kuolemaansa 21. tammikuuta 1900. Hänen ruumiinsa haudattiin Los Angelesin veteraanien hautausmaalle. Kuusi kuukautta kestäneen kampanjan jälkeen, jota johti 25 seitsemäsluokkalaista oppilasta ja heidän opettajansa, Johnsonin jäännökset kuitenkin siirrettiin Codyyn, Wyomingiin, kesäkuussa 1974.