Semiläisten kielten luokittelusta kiistellään edelleen. Arvioitaessa yhden kielen sukulaisuutta toiseen kieleen yhteisen innovaation antamalle tiedolle annetaan suurempi painoarvo kuin yhteisen arkaismin tuottamalle tiedolle. Sen määrittäminen, onko jokin piirre innovaatio vai arkaismi, voi kuitenkin olla ongelmallista, koska se riippuu vertailtavien kielten edeltäjän ymmärtämisestä. Tämä voi olla suhteellisen suoraviivainen prosessi, kun analyysi koskee hyvin todistettua edeltäjäkieltä, mutta siitä tulee vaikeampaa, kun se perustuu protokielen – sukulaiskielten joukon hypoteettisen esi-isän – rekonstruointiin. Monet protokielten piirteet postuloidaan tunnettujen jälkeläiskielten piirteiden huolellisen vertailun perusteella, joten ne ovat luonteeltaan pikemminkin johdettuja kuin diagnostisia.

Rakenteen osalta tutkijat ovat pitkälti yhtä mieltä pääklustereista: Akkadin kieli, luoteissemiittinen ryhmä, johon kuuluvat kanaanilaiset ja aramealaiset kielet sekä ugarit ja amorilaiset kielet, arabia, vanhat eteläarabialaiset kielet, nykyiset eteläarabialaiset kielet (jotka eivät polveudu vanhasta eteläarabialaisesta kieliryhmästä) ja etiopialainen kieli. Joidenkin mielestä eteläseemiläinen ryhmä koostuu nykyisestä eteläarabian kielestä ja etiopian kielestä (sekä mahdollisesti arabiasta ja vanhasta eteläarabian kielestä). Eblaiitin, jolla on yhteisiä piirteitä sekä akkadin kielen että luoteissemiittisten kielten kanssa, asema on edelleen kiistanalainen.

Tämä jako tarjoaa puitteet keskusteluille seemiläisten kielten geneettisistä suhteista. Akkadin kieli erosi selvästi muista kielistä melko varhain muodostaen itäseemiläisen haaran, joka erosi jäljellä olevista länsiseemiläisistä kielistä. Länsiseemiläisten kielten sisällä yksi kriittinen ongelma liittyy arabian asemaan suhteessa muihin länsiseemiläisiin kieliryhmiin: vaikka arabian verbin rakenne heijastelee monessa suhteessa luoteissemiittisten kielten rakennetta, äännejärjestelmänsä ja sananmuodostusprosessiensa osalta arabian kieli näyttää olevan lähempänä etiopialaista ja nykyaikaista eteläarabialaista kieliryhmää. Monet tutkijat yhdistävät arabian luoteissemiittiseen ryhmään keskiseemiläiseksi haaraksi; toiset haluavat pitää arabiaa erillisenä haarana tai eteläseemiläiseen ryhmään kuuluvana haarana.

Muista seemiläisistä kielistä poiketen arabian kieli, etiopiankieli sekä vanha ja nykyaikainen eteläarabian kieliryhmä käyttävät säännönmukaisesti ”rikkinäisiä” kantamalleja muodostaakseen monikollisia substantiveja (ks. alla Substantiivit ja adjektiivit). Koska on kuitenkin todennäköistä, että murrettu monikko oli jossain määrin jo esivanhempien seemiläisten kielten piirre, tällaisten monikkorakenteiden esiintymistä ei voida käyttää todisteena erityisen läheisestä geneettisestä yhteydestä näiden neljän klusterin välillä. Hieman vahvempi tuki erilliselle eteläseemiläiselle haaralle voidaan nähdä sellaisissa piirteissä kuin f, joka on kehittynyt arabiassa, etiopiassa ja nykyisissä eteläarabian kielissä varhaisseemiläisestä *p:stä (symboli * tarkoittaa tietoa, joka on peräisin pikemminkin kielellisestä rekonstruktiosta kuin suorasta todistuksesta).

Muodosta, jonka preesensin imperfektin verbin runko omaksuu useissa eri kielissä, on tullut laajalti käytetty diagnostinen piirre seemiläisten kielten luokittelussa (ks. jäljempänä Verbin taivutus). Jos, kuten on laajalti hyväksytty, sekä arabiassa että luoteissemiittisissä kielissä esiintyvä verbin taivutusmuoto edustaa näille kielille yhteistä innovatiivista kehitystä, tämä piirre antaa arvokasta tukea teorialle keskiseemiläisestä välihaarasta.