Toisen maailmansodan vuosina Yhdysvaltain armeija laajensi nopeasti sotilastukikohtajärjestelmäänsä, kun nuorten miesten määrä nousi räjähdysmäisesti värväyksen ja asevelvollisuuden myötä. Moniin heistä kuului entisiä yliopisto- ja ammattilaisjalkapallotähtiä. Noin 19 National Football Leaguen aktiivista tai entistä pelaajaa kuolisi lopulta Yhdysvaltain sotatoimissa lukemattoman määrän entisten kollegiaalisten pelaajien lisäksi.

Sotatoimien alkuvaiheessa eräs jalkapallokirjailija totesi jalkapallojoukkueiden muodostamisen soveltuvuudesta sotilaskoulutukseen:

Jalkapallo on kehoa kovettava tekijä. Jalkapallo sytyttää taistelukipinän taistelevissa miehissä. Se kehittää aggressiivisuutta, ryhmätyöskentelyä, kestävyyttä, fyysistä ja henkistä koordinaatiota aktiivisessa rasituksessa, ja siksi sillä on ensisijainen asema kansallisessa sota-ajan koulutusohjelmassamme. Joukkueita on sadoittain armeijan eri leireillä ja asemilla sekä laivaston tukikohdissa. Lajin historian suurin osallistuminen kirjataan vuoden 1942 ennätyksiin.

Syksystä 1942 alkaen sotaministeriö alkoi edistää organisoituja jalkapallo-otteluita, joihin osallistui sotilastukikohtiensa valikoituja joukkueita, jotka pelasivat täydet otteluohjelmat alueellisten yliopistojen tyhjentyneitä joukkueita vastaan. Nämä eliittijoukkueet sisältyvät seuraavaan luetteloon.

Näistä muodostettiin edelleen sotilaallisia All-Star-joukkueita, jotka pelasivat korkeakoulu- ja ammattilaisvastustajia vastaan. Vuonna 1942 Yhdysvaltain armeija nimesi kaksi ”All-Army-joukkuetta”, joissa oli noin 60 pelaajaa yksikköä kohti ja jotka sijaitsivat idässä ja lännessä. Nämä joukkueet tunnettiin epävirallisesti nimellä ”Million Dollar teams” (miljoonan dollarin joukkueet) – niiden tarkoituksena oli kerätä yli miljoona dollaria armeijan hätäapurahastoon järjestämällä sarja näytösotteluita National Football Leaguen ammattilaisjoukkueita vastaan. Itäisen armeijan All-Star-joukkuetta johti everstiluutnantti Robert R. Neyland, ja se pelasi syyskuussa 1942 pelejä New York Giantsia, Brooklyn Dodgersia ja Chicago Bearsia vastaan. Läntinen All-Stars-joukkue, jota valmensi majuri Wallace Wade Duken yliopistosta, pelasi elokuun lopulla 1942 alkaen pelejä Washington Redskinsia, Chicago Cardinalsia, Detroit Lionsia, Green Bay Packersia ja Giantsia vastaan. Näytösotteluiden päättyessä se oli kerännyt rahastoon 241 392,29 dollaria.

Sodan päättyessä eri palvelusjoukkueita olivat valmentaneet sellaiset legendat kuin Bernie Bierman (Iowa Pre-Flight Seahawks), Paul Brown (Great Lakes Navy Bluejackets), Don Faurot (Iowa Pre-Flight Seahawks ja Jacksonville Naval Air Station Flyers), Tony Hinkle (Great Lakes Navy Bluejackets), Jack Meagher (Iowa Pre-Flight Seahawks) ja Joe Verducci (Alameda Coast Guard Sea Lions) – sekä edellä mainitut Neyland ja Wade.

Jopa Japanin antauduttua 2. syyskuuta 1945 ajat pysyivät kuitenkin vielä jossain määrin epävarmoina, kun liittoutuneiden miehitysjoukoilla oli edessään mahdollisia rauhoituskampanjoita hävinneissä akselimaissa, puhumattakaan yhä kiristyneistä suhteista Neuvostoliittoon. Tämän seurauksena suuri osa amerikkalaisesta sotakoneistosta säilyi ainakin aluksi rauhanaikana koskemattomana – mukaan lukien monet palvelusjoukkueiden jalkapallojoukkueet.

Louisianan osavaltiomessut, joka normaalisti sponsoroi sarjaa korkeakoulujen jalkapallo-otteluita osana vuosittaista osavaltiomessuklassikkoaan, joutui sodan aikana ajoittain olemaan ilman tavanomaisia isäntäoppilaitoksiaan, kun ne joutuivat luopumaan jalkapallo-ohjelmistaan. Paikalliset Barksdale Field Sky Raiders -joukkueet kutsuttiin pelaamaan kahteen lokakuussa pelattavaan otteluun, joista toinen pelattiin Selman Army Airfield Cyclonesia vastaan ja toinen Lake Charles Army Airfield Flying Tigersia vastaan; Camp Swift Dragons tuli lopulta Lake Charles Army Airfieldin tilalle. Messujen ”Negro Day” -pelissä Wiley College kohtasi Randolph Field Black Ramblersin (Randolph Field Ramblersin afroamerikkalainen vastine). Barksdale Field oli myös aiemmin kilpaillut vuoden 1934 klassikkopelissä Texas Military Collegea vastaan.

Palvelusakatemiatkin pysyivät vahvoina vuoteen 1945 asti, ja armeijan ja laivaston vuotuisessa ottelussa pelasivat vuoden 1945 AP Pollin kaksi parasta joukkuetta, ja peli julistettiin ”vuosisadan otteluksi”, johon osallistui itse presidentti Harry S. Truman. Armeijan Doc Blanchard voitti jopa Heisman Trophyn tuona vuonna.

Kun miehitetyissä maissa ei seuraavan vuoden aikana kohdattu merkittävää vastarintaa (lukuun ottamatta muutamia yksittäisiä Edelweiss-piraattien tai japanilaisten kapinallisjoukkojen sabotaasipyrkimyksiä), suurin osa amerikkalaisista varusmiehistä kotiutettiin nopeasti, ja armeijan jalkapallojoukkueet lähtivät periaatteessa heidän mukanaan. Truman antoi julistuksen 2714, jolla sota päättyi virallisesti 31. joulukuuta 1946.

Eräässä huomionarvoisessa sodanjälkeisessä ottelussa (joka saattoi kuvastaa sitä, kuinka kauas jäljellä olevat harvat palvelusjoukkueet olivat pudonneet sitten Iowa Pre-Flightin maagisen nousun vuoden 1943 AP Pollin sijalle 2.) kohtasivat Ohiossa sijaitseva Central State University ja Wright Field Kittyhawks; vaikka kyseessä oli CSU:n ensimmäinen kausi uutena neljävuotisena oppilaitoksena vuonna 1947 CSU voitti ottelun hämmästyttävin numeroin 101-0.