Sairauksien osalta keskiajan voidaan katsoa alkaneen vuoden 542 rutosta ja päättyneen vuoden 1348 mustaan surmaan (paiseruttoon). Epidemian mittasuhteissa esiintyviä tauteja olivat muun muassa spitaali, paiserutto, isorokko, tuberkuloosi, syyhy, rupi, punajäkälä, pernarutto, trakooma, hikoilutauti ja tanssihulluus (ks. infektio). Tarttuvia tauteja sairastavien henkilöiden eristäminen alkoi vastauksena spitaalin leviämiseen. Tästä taudista tuli vakava ongelma keskiajalla ja erityisesti 1300- ja 1300-luvuilla.

Musta surma, ruttoepidemia, saavutti Etelä-Euroopan Välimeren satamat vuonna 1347 ja pyyhkäisi kolmessa vuodessa koko Euroopan. Tärkein tapa torjua ruttoa oli eristää tunnetut tai epäillyt tautitapaukset sekä henkilöt, jotka olivat olleet kosketuksissa niihin. Eristämisaika oli aluksi noin 14 päivää, ja sitä pidennettiin vähitellen 40 päivään. Mustan surman innoittamina viranomaiset loivat tartuntatautien torjumiseksi terveysvalvontajärjestelmän, jossa käytettiin tarkkailuasemia, eristyssairaaloita ja desinfiointimenettelyjä. Tärkeimpiä toimia sanitaation parantamiseksi olivat muun muassa puhtaan vesihuollon kehittäminen, jäte- ja viemäröinti sekä elintarvikkeiden tarkastus. Nämä ponnistelut olivat erityisen tärkeitä kaupungeissa, joissa ihmiset asuivat ahtaasti maaseutumaiseen tapaan ja kotiensa ympärillä oli paljon eläimiä.

Keskiajalla otettiin useita ensimmäisiä askeleita kansanterveyden alalla: pyrittiin selviytymään kaupunkien epähygieenisistä olosuhteista ja rajoittamaan tautien leviämistä karanteenin avulla, perustettiin sairaaloita ja tarjottiin sairaanhoitoa ja sosiaalista apua.