Krooninen Helicobacter pylori -infektio (H. pylori) on tunnettu mahasyövän riskitekijä. H. pylori -infektion hävittämisaste klassisella PPI:n ja antibioottien kolmoishoidolla on alhainen. Siksi probiootit ovat hyödyllinen keino parantaa hävittämisastetta ja vähentää sivuvaikutuksia. Useat eläinmalleilla tehdyt tutkimukset osoittivat, että Lactobacillus spp:llä yksinään ja yhdessä muiden probioottikantojen kanssa on kasvua estäviä ja tulehdusreaktioita tukahduttavia vaikutuksia H. pylori -infektioissa. Joissakin tutkimuksissa todettiin kuitenkin Pediococcus-kantojen merkittäviä vaikutuksia H. pylori -infektioiden tukahduttamiseen, eloonjäämiseen ja hävittämiseen. Siksi ehdotetaan, että H. pylori -infektioiden hoidossa voitaisiin käyttää tavanomaisten probioottikantojen ohella erilaisia Pediococcus-kantoja. Viimeaikaiset tutkimukset osoittivat, että Lactobacillus reuteri ja Lactobacillus gasseri yksinään PPI-valmisteiden kanssa ihmisillä on suuri eradikaatiovaikutus H. pylori -infektioihin, ja sitä ehdotetaan potilaiden probioottihoidoksi tulevissa hoitoprotokollissa. Mitä tulee probioottihoitoprosessiin, ei pitäisi suositella, että probiootteja voitaisiin käyttää ainoana hoitona H. pylori -infektion hävittämiseen. Probioottien käyttö lisäravinteena lisää kuitenkin eradikaatiota ja vähentää hoitoon liittyviä sivuvaikutuksia. Yleisesti uskotaan, että probiootit voisivat parantaa H. pylori -bakteerin eradikaatiota ja vähentää haittavaikutuksia tavanomaisen hoidon aikana, mutta jotkin probioottiset bakteerilajit voisivat olla hyödyllisiä lääkehoidon kanssa. Yleisesti ottaen probioottilisät voisivat lisätä H. pylori -infektioiden hävittämisastetta ja vähentää antibioottien sivuvaikutuksia.