Joidenkin arkeologien mukaan Guatemalassa on Keski-Amerikan vanhin kirjattu ihmiskunnan historia, ja joitakin todisteita ihmisen olemassaolosta on jo 18 000 vuotta eaa. Siitä, oliko Guatemalassa todella ihmisiä niin kauan sitten, kiistellään. Yleisesti tunnustetaan, että ihmiset kulkivat alueen läpi noin 12 000 vuotta sitten vaeltaessaan etelään Etelä-Amerikkaan.

Varmasti totta on se, että noin 3 500 eaa. mennessä maanviljelys oli tullut Guatemalaan, ja metsästäjät/isät olivat nyt maanviljelijöitä. Maanviljelyn myötä tulivat kylät ja kaupungit. Vähitellen alkuasukkaat Guatemalaksi kutsutulla alueella ja myös Meksikon Jukatanilla ja Belizessä muodostivat kaupunkeja ja kaupunkeja.

Olmec-sivilisaatio tuli Meksikosta ja oli Guatemalassa noin 1500 eaa. lähtien. Maya-kulttuuri otti lopulta vallan alueella. Preklassinen kausi kesti noin 2 000 eaa. ja 250 eaa. välisenä aikana perustettiin La Miradorin ja Tikalin kaupungit.

Vuonna 250 jKr. ja 900 jKr. välisenä aikana mayat olivat klassisella kaudella, ja koko Guatemala oli heidän vaikutusvaltansa alla. Alue koostui monista kaupunkivaltioista, jotka solmivat monimutkaisia liittoja keskenään. Tänä aikana rakennettiin massiivisia temppeleitä, ja kaupunkien väkiluku ylitti usein 100 000 asukkaan rajan.

Noin vuonna 900 jKr. mayojen valtakunta oli romahtanut. Kukaan ei ole varma, mitä tarkalleen tapahtui, mutta kaupungit hylättiin, kun mayayhteiskunta lähti Guatemalasta ja suuntasi pohjoiseen Meksikoon. Jäljelle jääneet palasivat maaseudulle hankkimaan elantonsa maanviljelijöinä.

Ensimmäinen kontakti mayojen valtakunnan jälkeläisten ja eurooppalaisten välillä syntyi vuonna 1511, kun espanjalainen laiva haaksirikkoutui Jukatanin rannikolla. Vuoteen 1519 mennessä muutamat tutkimusretkikunnat olivat alkaneet tunnustella nykyisen Guatemalan aluetta.

Vuonna 1523 Pedro de Alvarado, joka kuului Meksikon valloittaneeseen Hernán Cortésin ryhmään, lähetettiin valloittamaan Meksikon alapuolella oleva maa-alue, joka tunnetaan nykyään Guatemalana. Se ei ollut missään nimessä helppo valloitus. Suurin osa mayaväestöstä asui ylängöillä (ja asuu edelleen), eivätkä he olleet mikään helppo pala. Espanjalaisilta kesti reilusti yli vuosikymmenen kestänyt raastava sissisota, ennen kuin he saivat voiton.

Vuoteen 1540 mennessä Espanjan kruunulla oli virallinen valta alueella, ja Guatemala kuului Uuteen Espanjaan, joka oli ryhmä suvereeneja alueita, joita hallinnoitiin Meksikosta käsin. Guatemalan Antiguasta käsin toimivalla Guatemalan kenraalikapteenistolla oli kuitenkin huomattava vapaus siinä, miten se hallitsi paikallisia asioita.

Tämä järjestely toimi riittävän hyvin siirtomaa-ajan loppuun asti, jolloin Guatemala alkoi kasvaa levottomaksi täydellisen vapauden puolesta. Maa julisti itsenäisyytensä Espanjasta 15. syyskuuta 1821, vain kolme viikkoa sen jälkeen, kun sen naapurimaa Meksiko oli saanut vapauden.

Guatemalalaiset siirtokuntalaiset huomasivat Meksikon uuden vakauden hallitsija Agustín de Iturbiden alaisuudessa ja suostuivat liittämään alueensa Meksikoon. Iturbide kuitenkin kaatui vallasta vuonna 1823, mikä antoi Guatemalalle sen tarvitseman sysäyksen julistautua täysin itsenäiseksi.

Uusi itsenäinen maa päätti liittyä niin sanottuun Keski-Amerikan liittovaltioon, johon kuuluivat Nicaraguan, Costa Rican, El Salvadorin ja Hondurasin maat.

Liitossa oli jatkuvaa poliittista myllerrystä melko pitkälti sen perustamispäivästä lähtien. Kullakin viidellä alueella oli erilaiset tahtotilat, ja vuoteen 1838 mennessä liitto oli hajonnut kokonaan. Kukin alue alkoi hallita itseään itsenäisinä kansakuntina.

Guatemalaa on tästä lähtien vaivannut jatkuva jännite maan liberaalien ja konservatiivisten ryhmittymien välillä. Pian itsenäistymisen jälkeen valtaan nousi Rafael Carrera, ensimmäinen konservatiivinen diktaattori. Carrera toi takaisin siirtomaa-aikaa muistuttavat hallinto- ja yhteiskuntakäytännöt, kuten kirkon ja maalaisluokan suosimisen.

Carreran kuoltua vuonna 1865 eräänlaisen poliittisen tauon jälkeen valtaan nousi uusi diktaattori, Justo Rufino Barrios. Barrios oli Carreraan verrattuna vankkumaton liberaali, ja hän purki välittömästi Carreran palauttaman vanhentuneen yhteiskuntarakenteen. Barrios myös erotti kirkon ja valtion, maallisti koulutuksen ja avasi maan talouden ulkomaisille investoinneille, minkä vuoksi hän ansaitsi tittelin ”uudistaja”. Tänä aikana Guatemalan nykyaikaiset poliittiset ja yhteiskunnalliset rakenteet alkoivat todella muotoutua.

Seuraava merkittävä diktaattori Guatemalan poliittisessa historiassa on Jorge Ubico, kenraali, joka nousi valtaan vuonna 1931. Ubico otti mallia muista diktaattoreista ympäri maailmaa ja johti niin sanottua ”poliisivaltiota”, joka rajoitti lehdistön- ja sananvapautta. Ubico hallitsi tällä tavoin vuoteen 1944 asti, jolloin mielenosoittajat pakottivat hänet eroamaan ja pakenemaan maasta Guatemalan merkittävimmän vallankumouksen aikana.

Ubicon lähdön jälkeen tapahtunut kansannousu johti maan ensimmäisiin aidosti demokraattisiin presidentinvaaleihin ja demokraattisen perustuslain luomiseen. Uudeksi presidentiksi nousi yliopistonlehtori Juan José Arévalo, joka sai 85 prosentin kannatuksen. Arévalo otti käyttöön useita kipeästi kaivattuja uudistuksia maan koulutus- ja terveydenhuoltojärjestelmissä.

Vuonna 1951 valtaan nousi Arévalon seuraaja Jacobo Arbenz. Hän jatkoi Arévalon tyyliin liberaalien uudistusten toteuttamista, mukaan lukien raskas maareformipolitiikka. Arbenz vaati, että kaikki maan käyttämätön maa jaettiin uudelleen talonpojille.

Suuri osa tästä käyttämättömästä maasta kuului United Fruit Companylle, amerikkalaiselle yhtiölle, joka kävi kauppaa ja myi useissa Keski-Amerikan maissa kasvatettuja trooppisia hedelmiä. Vaikka Guatemalan hallitus lupasi antaa yhtiölle (pienen) korvauksen, United Fruit Company sattui olemaan Guatemalan suurin työnantaja, ja sen äkillinen pakkolunastus suututti yhtiön isot kihot Washingtonissa.

Niinpä Amerikka päätti puuttua asiaan. He järjestivät CIA:n kouluttamaan salaa Guatemalan maanpakolaisten armeijan Hondurasiin. Carlos Castillo Armasin johdolla pieni armeija hyökkäsi Guatemalaan Hondurasin kautta vuonna 1954. Guatemalan armeija ei juurikaan taistellut, ja Arbenz pakeni Meksikoon Armasin noustessa valtaan.

Armas toi maahan konservatiivisen hallinnon, jota oli pitkään hallinnut joukko liberaaleja, ja kumosi näin lähes kaikki vuodesta 1944 lähtien toteutetut uudistukset. Vaikka Armas salamurhattiin kolme vuotta myöhemmin, Guatemala näki palaavansa takaisin väkivallan ja levottomuuksien maaksi.

60- ja 70-luvuilla Guatemalassa vallitsi useita raakoja sotilashallituksia. Vasemmiston vastustajat taistelivat kutakin hallintoa vastaan pitkään sorretun alkuperäisväestön rinnalla, mikä johti lopulta Latinalaisen Amerikan pisimpään jatkuneeseen sissisotaan.

Vuonna 1982 neljä suurinta sissiryhmää yhdistyi muodostaen URNG:n, eli Guatemalan kansalliskumouksellisen yksikön. Raaka sisällissota kuitenkin jatkui, mikä sai Yhdysvallat lopettamaan kaiken sotilaallisen avun maalle.

Tämän toimen seurauksena maahan palasi jonkinlainen rauhan näennäisyys, kun maahan valittiin siviilipresidentti Vinicio Cerezo. Kansalaiset toivoivat, että Cerezo olisi mies, joka vihdoin lopettaisi taistelut, mutta hänen kautensa päättyessä väkivaltaisuudet jatkuivat edelleen useissa osissa maata.

Todellinen rauha tuli Guatemalaan vasta, kun Álvaro Arzú astui valtaan vuonna 1996. Arzú neuvotteli URNG:n muodostaneiden neljän sissiryhmän kanssa, kunnes rauhansopimus allekirjoitettiin. Rauhansopimukseksi kutsutussa sopimuksessa tunnustetaan kaikki sotilashallitusten 36 vuotta kestäneen sisällissodan aikana tekemät ihmisoikeusloukkaukset sekä annetaan määräyksiä, joilla puututaan maasta puuttuviin sosiaalisiin peruspalveluihin.

Monet näistä määräyksistä jäivät nykyäänkin täyttämättä, ja Guatemala kamppailee edelleen ylläpitääkseen rauhaa, josta se on nauttinut enemmän tai vähemmän sisällissodan päättymisen jälkeen. Guatemala on edelleen uskomattoman köyhä maa, jonka talous on pääasiassa riippuvainen maataloudesta. Guatemala on kuitenkin hitaasti mutta varmasti kehittymässä moderniksi yhteiskunnaksi, ja lukutaito on parantunut, samoin kuin pyrkimykset lisätä matkailua maassa.