Guatemala julistautui itsenäiseksi Espanjasta vuonna 1821. Lyhyen Meksikoon liittämisen jälkeen se oli osa Keski-Amerikan valtioiden liittovaltiota, johon kuuluivat Honduras, El Salvador, Nicaragua ja Costa Rica. Guatemalan itsenäisyys saavutettiin käytännössä vuonna 1840, kun Rafael Carreran, espanjalaista ja alkuperäisväestön sukujuuria sekoittaneen talonpojan, johtama sissiliike kukisti liittovaltion presidentin Francisco Morazánin joukot. Carreran presidenttikausi oli konservatiivinen ja sitä tukivat papisto sekä maanomistajat.

Presidentti Justo Rufino Barrios Auyón, johtava kahvinviljelijä, aloitti liberalismin aikakauden vuonna 1873. Hänen hallituksensa otti käyttöön uskonnonvapauden ja oppivelvollisuuden, mutta se myös takavarikoi kirkon maita luodakseen yksityiset kiinteistömarkkinat. Vuonna 1877 säädettiin päivätyöläisiä koskevat asetukset, jotka pakottivat vuoristoalueen mayat kausityöhön kahviplantaaseille.

Vuonna 1898 Manuel Estrada Cabrerasta tuli presidentti. Seuraavana vuonna perustettiin Yhdysvaltain omistama United Fruit Company, joka hallitsi banaanintuotantoa Keski-Amerikassa ja vaikutti Guatemalan hallituksen politiikkaan. Estrada Cabrera hallitsi vuoteen 1920 asti. Seuraavan vuosikymmenen aikana työläiset järjestäytyivät, ja ”intiaaniongelmasta” tuli julkisen keskustelun aihe. Vuonna 1931 Jorge Ubico astui presidentiksi ja hallitsi diktatorisesti. Hänen syrjäyttämisensä vuonna 1945 aloitti sananvapauden ja maareformien kauden.

Presidentti Jacobo Arbenz Guzmánin aikana hallitus antoi luvan laajojen yksityisten maa-alueiden uudelleenjakoon, mikä johti CIA:n tukemaan vallankaappaukseen vuonna 1954. Vuosien 1960-1996 traaginen sisällissota sai alkunsa ruohonjuuritason vastareaktiosta tuon vallankaappauksen jälkeen vakiintuneelle sotilasdiktatuurille. Väkivaltaisuudet vaativat 200 000 ihmisen hengen, joista suurin osa oli mayoja. Mayat ovat todistaneet terrorista kertomusten kautta: Victor Montejo, Testimony: Death of a Guatemala Village (1987); ja Rigoberta Menchú, vuoden 1992 Nobelin rauhanpalkinnon voittaja, I, Rigoberta Menchú: An Indian Woman in Guatemala (1984).