Mäyräkoira on peräisin Saksasta, jossa rotua kutsuttiin ensin mäyräkoiriksi. Metsänhoitajat Saksassa 1700- ja 1800-luvuilla työskentelivät rodun luomiseksi; alun perin koirat jalostettiin metsästämään pieniä saaliita, ja ajatuksena oli, että ne olisivat sekä pieniä että pelottomia ja halukkaita kaivautumaan mäyräkoirien koloihin. Ensimmäinen luotu tyyppi oli sileä rotu, joka on bravurin ja pinserin risteytys, ja siihen saattaa kuulua myös ranskanbassettikoira. Lankakarvaisen tyypin uskotaan syntyneen risteyttämällä mäyräkoiraa spanielien kanssa ja pitkäkarvainen syntyi risteyttämällä mäyräkoiraa terrierien kanssa. Vasta 1800-luvulla rotu kehitettiin lemmikiksi eikä metsästyskoiraksi. Rodusta tuli suosittu Euroopan kuninkaallisten hovien keskuudessa, myös kuningatar Victorian hovissa. American Kennel Club tunnusti rodun vuonna 1885. Koska rotu liittyi Saksaan, se joutui kamppailemaan ensimmäisen maailmansodan aikana. Sodan päätyttyä Yhdysvaltoihin päätyi lisää mäyräkoiria, mikä auttoi rodun kasvua. Vaikka mäyräkoiraa pidetään edelleen kunnon metsästyskoirana joissakin osissa Eurooppaa, sitä pidetään Yhdysvalloissa ja Isossa-Britanniassa loistavana perheen lemmikkinä. Tämän hybridisekoituksen toinen puolikas on ranskanbulldoggi. Se on alun perin kotoisin Englannista, mutta kulkeutui Ranskaan teollisen vallankumouksen aikana ranskalaisten pitsintekijöiden mukana, jotka näkivät käsityönsä katoavan koneiden käyttöönoton myötä. Ranskassa ”lelu”-bulldoggi, kuten sitä silloin kutsuttiin, jalostettiin terrierin ja mopsin kanssa, ja sille annettiin uusi nimi Ranskanbulldoggi. Tästä lepakkokorvaisen kauniista koirasta tuli hyvin suosittu, ja se liittyi Amerikan Kennelliiton jäseneksi vuonna 1898.