Huhtikuun 1898 loppuun mennessä 13 000 yhdysvaltalaista vapaaehtoista ja 2 000 vakinaista sotilasta saapui ottamaan Filippiinit haltuunsa espanjalaisilta osana Espanjan-Amerikan sotaa. Yhdessä noin 13 000 hengen filippiiniläisen vallankumousarmeijan kanssa he kohtasivat Manilassa 13 000 espanjalaista. Amerikkalaisilla ja filippiiniläisillä oli yhteinen tavoite voittaa Espanja, mutta sen jälkeen filippiiniläiset halusivat itsenäisyyttä, kun taas Yhdysvallat halusi Filippiinit alueekseen. Tämä ero johti väistämättä konfliktiin.

Espanjalainen kuvernööri Manilassa ymmärsi tilanteensa olevan toivoton, mutta halusi kunniansa vuoksi ja välttääkseen sotaoikeuden kotimaassaan esittää edes merkillistä vastarintaa. Hän pelkäsi myös, että filippiiniläiskapinalliset saattaisivat teurastaa hänen joukkonsa. Amerikkalaiset halusivat myös välttää verilöylyn ja kieltää kapinallisilta poliittisen oikeutuksen, jonka he olisivat saaneet valloittamalla kaupungin. Niinpä he tekivät salaisen sopimuksen: espanjalaiset tarjoaisivat minimaalista vastarintaa, jos amerikkalaiset lupaisivat pitää filippiiniläiset poissa. Lyhyen taistelun jälkeen, jossa 17 yhdysvaltalaissotilasta sai surmansa ja 105 haavoittui, yhdysvaltalaissotilaat valtasivat Manilan 13. elokuuta ja sulkivat filippiiniläiset ulos.

Pariisin sopimuksen ehtojen mukaan Filippiineistä tuli Yhdysvaltojen aluetta, ei itsenäistä maata. Yhdysvaltain senaatin piti vielä ratifioida sopimus, mutta filippiiniläiset eivät odottaneet, mitä tapahtuisi. He perustivat tasavallan, jonka pääkaupunki oli Malolos, ja valmistautuivat vastustamaan kaikkia Yhdysvaltojen yrityksiä saada sopimus voimaan. Kun sotilaat molemmilla puolilla odottivat levottomina, liittolaisten väliset suhteet heikkenivät ja kahakoista tuli yleisiä. Oli vain ajan kysymys, milloin täysimittaiset väkivaltaisuudet puhkeaisivat.

Yönä 4. helmikuuta 1899 filippiiniläiset ja amerikkalaiset partiot vaihtoivat laukauksia kiistanalaisen kylän lähellä. Tulitus levisi nopeasti, ja aamunkoitteessa amerikkalaiset aloittivat hyökkäyksen. Tähän päivään mennessä kukaan ei tiedä, kuka ampui ensimmäisen laukauksen, mutta sota oli alkanut.

Washingtonissa senaatti ratifioi 6. helmikuuta niukasti Pariisin sopimuksen. Kun Yhdysvallat oli virallisesti ostanut Filippiinit Espanjalta, se julisti uuden hallussaan olevan kapinatilan.

Filippiinien kansallismielisellä vapautusarmeijalla oli 40 000 sotilasta sekä paikallinen miliisi, mutta sillä ei ollut koulutusta, kuria eikä varusteita. Se kärsi myös epäpätevästä ja kokemattomasta johdosta. Yhdysvaltain joukkoja oli alle 20 000 miestä, joista suurin osa oli osavaltion vapaaehtoisia, jotka odottivat pääsevänsä kotiin nyt, kun sota Espanjaa vastaan oli päättynyt. Vapaaehtoiset taistelivat kuitenkin hyvin, ja helmikuun lopulla he olivat ajaneet Filippiinien armeijan pois Manilasta murskaamalla kapinan itse kaupungissa. Maaliskuun loppuun mennessä he olivat vallanneet Malolosin ja aiheuttaneet filippiiniläisille joukoille useita jyrkkiä tappioita.

Kampanja hidastui kesällä 1899. Pienet yhdysvaltalaisjoukot kamppailivat toimiakseen kaukana tukikohdastaan Manilassa. Sairaudet ja väsymys supistivat joitakin rykmenttejä 60 prosenttia. Kun monsuunikausi koitti, armeijaa painostettiin poliittisesti lähettämään valtion vapaaehtoiset kotiin.

Kongressi vastasi hyväksymällä vapaaehtoisjoukot Filippiinien palvelukseen. Toisin kuin osavaltioiden vapaaehtoiset vuonna 1898, nämä yksiköt olivat liittovaltion hallituksen organisoimia. Syyskuuhun 1899 mennessä uudet Yhdysvaltain vapaaehtoisten rykmentit alkoivat saapua paikalle yhdessä kantajoukkojen lisäyksiköiden kanssa. Osavaltioiden vapaaehtoisten lähdettyä Yhdysvalloille jäi vajaan 27 000 miehen tehokas joukko. Hyökkäystä painostaen vapaaehtoiset tuhosivat suuren osan kansallismielisten armeijasta ja hajottivat loput. Nationalistit vastasivat siirtymällä sissisodankäyntiin.

Taktiikan muutos toimi heidän edukseen. Maasto, joka koostui riisipeltojen, vuorten ja viidakoiden labyrintistä, jonka läpi kulkivat vain karkeat polut ja muutamat alkeelliset tiet, antoi filippiiniläisille sisseille lukuisia etuja amerikkalaisiin nähden, jotka kamppailivat tuntemattoman maantieteen ja ankaran ilmaston kanssa.

Nationalistit järjestäytyivät uudelleen alueellisiksi komentokunniksi, joihin kuului myös ”varjo”-hallitus, jotta he pystyisivät käymään sotaa, joka koostui väijytyksistä, ryöstöretkistä ja yllätyshyökkäyksistä ja jonka tarkoituksena oli saada amerikkalaiset pitämään amerikkalaiset pois tolaltaan. Sissit naamioivat itsensä ei-taistelijoiksi, sekoittuivat siviileihin ja käyttivät hyväntekeväisyyden ja terrorin yhdistelmää varmistaakseen paikallisen väestön tuen. Nationalistit pyrkivät heikentämään amerikkalaisten taistelutahtoa ja saavuttamaan pikemminkin poliittisen kuin sotilaallisen voiton.

Yhdysvallat myös jakoi joukkonsa ja antoi alueellisille komennoille vastuun tietyn alueen rauhoittamisesta. Joukot miehittivät satoja pieniä asemia kaupungeissa tai niiden läheisyydessä, joilla oli kolme tarkoitusta: suojella väestöä sissien pelottelulta, häiritä väestön kykyä toimittaa ruokaa ja alokkaita sisseille ja toimia tukikohtina pienten yksiköiden partioille ja ryöstöretkille pusikkoon vihollisen etsimiseksi. Joukkojen jakaminen aiheutti huoltoon, moraaliin, johtamiseen ja valvontaan liittyviä ongelmia. Sairaudet ja väsymys uhkasivat heikentää monien pienten varuskuntien tehokkuutta. Strategia kuitenkin piti sissit pakosalla ja kulutti heidän taistelukykynsä.

Presidentti McKinley määräsi joukot ”voittamaan Filippiinien asukkaiden luottamuksen, kunnioituksen ja ihailun”, joten Yhdysvaltain joukot työskentelivät myös siviiliyhteiskunnan palauttamiseksi rakentamalla kouluja ja teitä, kunnostamalla toreja, parantamalla terveydenhuoltoa ja puhtaanapitoa sekä tarjoamalla armahduksen sisseille. Ne palauttivat hallituksen palvelut ja siirtivät poliittisen vallan vähitellen filippiiniläisille. Tästä edistyksestä huolimatta taistelut jatkuivat vielä kokonaisen vuoden. Uusi komentaja, kenraali Arthur MacArthur, salli vankilatuomioiden, karkotusten, teloitusten ja omaisuuden takavarikoinnin ja/tai tuhoamisen laajemman käytön sissien rankaisemiseksi.

Nämä ankarammat toimenpiteet yhdessä jatkuvan lupauksen tasapuolisesta kohtelusta ja edustuksellisesta hallituksesta mursivat lopulta vastarintaliikkeen selkärangan. Viimeiset suuret vallankumoukselliset komentajat antautuivat keväällä 1902, ja 4. heinäkuuta Yhdysvallat julisti kapinan virallisesti päättyneeksi.

Virallisessa raportissaan sotaministeri Elihu Root totesi: ”On ilmeistä, että kapina on saatu loppumaan sekä tekemällä sota toisaalta ahdistavaksi ja toivottomaksi että tekemällä rauha houkuttelevaksi.”

Vuosien 1899 ja 1902 välisenä aikana Filippiineillä palveli yli 126 000 vakinaista ja vapaaehtoista sotilasta. Heistä 1 000 kuoli taistelussa tai taistelussa saatuihin haavoihin, 3 000 muuta kuoli tauteihin ja muihin syihin ja lähes 3 000 haavoittui.