Houstonin kaupunki vakautti rakennuksen ulkokuoren, ja Houstonin ilmailuliiton jäsenet työskentelivät terminaalin pelastamiseksi. Vuonna 1998 perustettiin voittoa tavoittelematon järjestö Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), joka perustettiin ensisijaisesti uhanalaisen terminaalirakennuksen pelastamiseksi. HAHS tunnusti, että rahoitus ja kunnostus on toteutettava vaiheittain, ja laati suunnitelman rakennuksen kunnostamiseksi ajan myötä. Vuoden 2003 lopulla HAHS:n urakoitsijat saivat valmiiksi terminaalin pohjoissiiven asbesti- ja lyijynpoiston. Poistoprosessissa sisäseinistä poistettiin alkuperäinen rappaus, mutta terminaalin ei-kantavat laattaverhoseinät jäivät ehjiksi.

Lentoterminaalin pohjoissiipi avattiin yleisölle helmikuussa 2004 museon ensimmäisenä vaiheena. Terminaalin kunnostettuun pohjoissiipeen sijoitettiin museon kokoelma ja lahjatavaramyymälä, ja se toimi museon toiminnan tukikohtana, kun varainhankinta ja rakennuksen muun osan kunnostaminen saatiin päätökseen.

Loppurakennuksen asbestinpoisto saatiin valmiiksi toukokuussa 2008, ja atriumin ja välipohjan uudelleenrakentaminen saatiin päätökseen helmikuussa 2009. Koko alempi kerros kunnostetaan alkuperäiseen tilaansa varojen salliessa. Museo levittäytyy ja ottaa haltuunsa koko terminaalirakennuksen ensimmäisen kerroksen, minkä jälkeen aloitetaan ylempien kerrosten kunnostaminen.

American Institute of Aeronautics & Astronautics (AIAA) nimesi vuoden 1940 lentoterminaalimuseon historialliseksi ilmailukohteeksi. Vuoden 1940 lentoterminaali on AIAA:n 35. ilmailukohde, joka on tunnustettu harvinaiseksi esimerkiksi klassisesta Art Deco -lentokenttäarkkitehtuurista. Helmikuussa 2010 Houston Aeronautical Heritage Society sai Good Brick Award -palkinnon vuoden 1940 lentoterminaalimuseon erinomaisesta säilyttämisestä. Good Brick -palkinnot myöntää vuosittain Greater Houston Preservation Alliance. Vuonna 2008 Houston Press julisti terminaalin ”parhaaksi palaksi ilmailuhistoriaa”.

HAHS:lle myönnettiin vuonna 2008 lupa Hobbyn lentoaseman vanhimpaan lentokonehalliin, vuoden 1929 Great Silver Fleet -huoltohalliin. Järjestö käyttää tätä hallia esittelemään suurempia näyttelyesineitä kokoelmasta, kuten kahta simulaattoria, ja HAHS:n lentokonekokoelmaa, johon kuuluu vuoden 1943 Lockheed Lodestar Executive Businessliner -lentokone ja S-58 Sikorsky -helikopteri, joka oli varustettu siviilikäyttöön tarkoitettuihin raskaisiin kuljetuksiin.