En 1964, W39AA, un traductor de WBGU-TV en Bowling Green, Ohio, entró en el aire en el canal 39. Antes de 1974, Fort Wayne había sido la única zona de Indiana sin acceso a la programación de la PBS incluso por cable (era una práctica habitual que la PBS ofreciera programas a las emisoras comerciales en los mercados que no contaban con emisoras afiliadas a la PBS, pero todavía no ha aparecido ninguna prueba relativa a la transmisión de los programas de la cadena en Fort Wayne); la cobertura de W39AA se limitaba generalmente a la zona inmediata de Fort Wayne, ya que su cobertura no era lo suficientemente potente como para abarcar todo el mercado. Esta emisora repetidora de baja potencia era simplemente un marcador de posición, ya que el canal 39 fue asignado como canal educativo de plena potencia en Fort Wayne. A principios de la década de 1980, la estación se convirtió en un traductor de la estación de PBS de Indianápolis WFYI.

El 12 de marzo de 1985, un grupo de televisión pública local recibió la ranura del canal 39 de la FCC, y licenció la estación bajo las letras de llamada WFWA; WFWA firmó en el aire el 5 de diciembre de 1986, trayendo el noreste de Indiana su propia estación de PBS por primera vez.

En 2003, la WFWA se convirtió en la primera estación de televisión en el mercado de Fort Wayne en emitir una señal digital, originalmente llevando la alimentación nacional de PBS HDTV en un subcanal separado de su programación regular; los problemas de financiación más tarde causarían que la alimentación nacional de HD fuera retirada, dejando toda la programación en definición estándar durante varios años. Se anunció que el canal principal 39.1 de la WFWA emitiría en alta definición a tiempo completo en algún momento del verano de 2010. Durante una pausa en la promesa de verano de 2010, el director general Bruce Haines anunció que el cambio se produciría el 4 de julio de 2010 a las 19:30. Gracias a los avances en la compresión de vídeo, la emisora pudo actualizar su canal principal a HD sin sacrificar la calidad de vídeo de sus otros tres subcanales SD.

En mayo de 2013, la emisora anunció una campaña de recaudación de fondos para mejorar su infraestructura durante los próximos tres años, incluyendo un aumento de la señal, la compra de equipos de producción remota y mejoras en el control maestro de la emisora.