Los dominios son unidades funcionales y/o estructurales distintas en una proteína. Normalmente son responsables de una función o interacción particular, contribuyendo al papel general de una proteína. Los dominios pueden existir en una variedad de contextos biológicos, donde pueden encontrarse dominios similares en proteínas con diferentes funciones.

Por ejemplo, los dominios de homología 3 de Src (SH3) son pequeños dominios de unos 50 residuos de aminoácidos que participan en las interacciones proteína-proteína. Los dominios SH3 tienen una estructura 3D característica (Figura 4). Están presentes en una gran variedad de proteínas con diferentes funciones, como las proteínas adaptadoras, las fosfatidilinositol 3-cinasas, las fosfolipasas y las miosinas.

Un ejemplo de proteína que contiene múltiples dominios SH3 es la proteína citoplasmática Nck. Nck pertenece a la familia de proteínas adaptadoras y está implicada en la transducción de señales desde los receptores de tirosina quinasa del factor de crecimiento a los receptores de señales aguas abajo. La composición de dominios de Nck se ilustra en la Figura 5.

Como acabamos de ver con Nck, las proteínas pueden estar compuestas por múltiples dominios. A menudo, los dominios individuales tienen funciones específicas, como la unión de una molécula concreta o la catalización de una reacción determinada, y juntos contribuyen a la función general de la proteína (véase, por ejemplo, la composición de dominios de la enzima fosfolipasa D1 en la figura 6, más abajo).

La proteína contiene un dominio PX (phox) que interviene en la unión del fosfatidilinositol, un dominio PH (pleckstrin homology) que tiene un papel en la orientación de la enzima a lugares concretos dentro de la célula, y dos dominios PLD (fosfolipasa D) responsables de la actividad catalítica de la proteína.