Todos los escritos de Oken son ilustraciones deductivas de un principio supuesto, que, con otros filósofos de la escuela trascendental, consideraba igual a la explicación de todos los misterios de la naturaleza. Según él, la cabeza era una repetición del tronco, una especie de segundo tronco, con sus miembros y otros apéndices; esta suma de sus observaciones y comparaciones -pocas de las cuales nunca dio en detalle- debe tenerse siempre presente al comparar la parte tomada por Oken en la anatomía homológica con los progresos realizados por otros cultivadores de esa rama filosófica de la ciencia. La idea de la analogía entre el cráneo, o partes del cráneo, y la columna vertebral había sido propuesta y ventilada previamente en sus conferencias por Johann von Autenrieth (1772-1835) y Carl Kielmeyer (1765-1844), y en los escritos de Johann Frank (1745-1821). Oken lo aplicó sobre todo para ilustrar el sistema místico de Schelling: el «todo-en-todo» y el «todo-en-cada-parte». Desde los primeros hasta los últimos escritos de Oken sobre el tema, «la cabeza es una repetición de todo el tronco con todos sus sistemas: el cerebro es la médula espinal; el cráneo es la columna vertebral; la boca es el intestino y el abdomen; la nariz son los pulmones y el tórax; las mandíbulas son los miembros; y los dientes las garras o las uñas». Johann von Spix (1781-1826), en su folio Cefalogénesis (1818), ilustró profusamente la craneología comparativa, pero presentó los hechos bajo el mismo disfraz trascendental; y Georges Cuvier (1769-1832) se valió de las extravagancias de estos discípulos de Schelling para ridiculizar toda la investigación de esas relaciones superiores de las partes con el arquetipo que Sir Richard Owen (1804-1892) llamó «homologías generales».»

La teoría vertebral del cráneo había desaparecido prácticamente de la ciencia anatómica cuando los trabajos de Cuvier llegaron a su fin. En Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton, de Owen, la idea no sólo fue revivida, sino que fue elaborada por primera vez de manera inductiva, y la teoría fue correctamente expuesta, como sigue: «La cabeza no es un equivalente virtual del tronco, sino que es sólo una porción, es decir, ciertos segmentos modificados, de todo el cuerpo. Las mandíbulas son los «arcos hemáticos» de los dos primeros segmentos; no son miembros de la cabeza» (p. 176).

Sin embargo, de forma vaga y extraña, como Oken había mezclado la idea con su concepción a priori de la naturaleza de la cabeza, la posibilidad de apropiársela parece haber superado el sentido moral de Goethe -a no ser que el poeta se engañara a sí mismo. La osteología comparada había llamado pronto la atención de Goethe. En 1786 publicó en Jena su ensayo Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, en el que demostraba que el hueso intermaxilar existía tanto en el hombre como en los brutos. Pero ni una sola palabra de este ensayo da el más remoto indicio de que tuviera entonces la idea de las analogías vertebrales del cráneo. En 1820, en su Morphologie, declaró públicamente por primera vez que treinta años antes de la fecha de esa publicación había descubierto la relación secreta entre las vértebras y los huesos de la cabeza, y que siempre había seguido meditando sobre este tema. Las circunstancias en las que el poeta, en 1820, narra haberse inspirado en la idea original son sospechosamente análogas a las descritas por Oken en 1807, como produciendo el mismo efecto en su mente. En ambos casos se descubre accidentalmente un cráneo blanqueado: en el de Oken era el de un ciervo en el bosque de Harz; en el de Goethe era el de una oveja recogida en las orillas del Lido, en Venecia.

Puede suponerse que Oken, como Privatdozent en Göttingen en 1806, no sabía nada de esta idea o descubrimiento inédito de Goethe, y que Goethe se enteró por primera vez de que Oken tenía la idea de las relaciones vertebrales del cráneo cuando escuchó el discurso introductorio en el que el joven profesor, invitado por el poeta a Jena, seleccionó precisamente esta idea para su tema. Es increíble que Oken, de haber adoptado la idea de Goethe, o de haber sido consciente de una anticipación por parte de éste, haya omitido reconocer la fuente, y que no haya aprovechado con entusiasmo una oportunidad tan apropiada para rendir un elegante homenaje a la originalidad y al genio de su mecenas.

En 1832, Oken fue elegido miembro extranjero de la Real Academia Sueca de Ciencias.