A finales de julio de 1898, 13.000 voluntarios estadounidenses y 2.000 tropas regulares llegaron para arrebatar el control de Filipinas a los españoles como parte de la Guerra Hispanoamericana. Junto con el ejército revolucionario filipino, que contaba con unos 13.000 efectivos, se enfrentaron a 13.000 españoles en Manila. Los estadounidenses y los filipinos compartían el objetivo común de derrotar a España, pero después los filipinos querían la independencia, mientras que Estados Unidos quería las Filipinas como territorio. El gobernador español de Manila se dio cuenta de que su situación era desesperada, pero quiso oponer al menos una resistencia simbólica por su honor y para evitar un consejo de guerra en su país. También temía que los rebeldes filipinos pudieran masacrar a sus tropas. Los estadounidenses también querían evitar una masacre y negar a los rebeldes la legitimidad política que obtendrían al tomar la ciudad. Así que hicieron un trato secreto: los españoles ofrecerían una resistencia mínima si los estadounidenses se comprometían a mantener a los filipinos fuera. El 13 de agosto, tras una breve batalla en la que murieron 17 soldados estadounidenses y 105 resultaron heridos, los soldados estadounidenses ocuparon Manila y dejaron fuera a los filipinos.

En virtud de los términos del Tratado de París, Filipinas pasó a ser un territorio de Estados Unidos, no un país independiente. El Senado estadounidense aún tenía que ratificar el tratado, pero los filipinos no esperaron a ver qué pasaba. Establecieron una república con capital en Malolos y se prepararon para resistir cualquier intento estadounidense de hacer valer el tratado. Mientras los soldados de ambos bandos esperaban ansiosos, las relaciones entre los aliados se deterioraron y las refriegas se hicieron habituales. Era sólo cuestión de tiempo que estallara la violencia a gran escala.

En la noche del 4 de febrero de 1899, las patrullas filipinas y estadounidenses intercambiaron disparos cerca de un pueblo en disputa. Los disparos se extendieron rápidamente y al amanecer los estadounidenses lanzaron un ataque. Hasta el día de hoy nadie sabe quién disparó primero, pero la guerra había comenzado.

En Washington, el Senado ratificó por poco el Tratado de París el 6 de febrero. Habiendo comprado formalmente las Filipinas a España, Estados Unidos declaró su nueva posesión en estado de insurrección.

El Ejército Nacionalista de Liberación de Filipinas contaba con 40.000 soldados más la milicia local, pero carecía de entrenamiento, disciplina y equipamiento. También sufrían de un liderazgo incompetente e inexperto. Las tropas estadounidenses contaban con menos de 20.000 hombres, la mayoría de los cuales eran voluntarios estatales que esperaban volver a casa ahora que la guerra con España había terminado. Sin embargo, los voluntarios lucharon bien y a finales de febrero habían expulsado al ejército filipino de Manila aplastando una revuelta dentro de la propia ciudad. A finales de marzo, habían capturado Malolos y habían infligido una serie de duras derrotas a las fuerzas filipinas.

La campaña se ralentizó durante el verano de 1899. La pequeña fuerza estadounidense tenía dificultades para operar lejos de su base en Manila. Las enfermedades y la fatiga redujeron algunos regimientos en un 60%. Cuando llegó la estación de los monzones, el Ejército recibió presiones políticas para enviar a los voluntarios estatales a casa.

El Congreso respondió autorizando una fuerza de voluntarios para el servicio de Filipinas. A diferencia de los voluntarios estatales de 1898, estas unidades fueron organizadas por el gobierno federal. En septiembre de 1899, los nuevos regimientos de voluntarios estadounidenses, junto con unidades adicionales de regulares, comenzaron a llegar. Con la salida de los voluntarios estatales, los Estados Unidos se quedaron con una fuerza efectiva de algo menos de 27.000 hombres. Presionando el ataque, los Voluntarios destruyeron gran parte del ejército nacionalista, dispersando al resto. Los nacionalistas respondieron cambiando a la guerra de guerrillas.

El cambio de táctica les favoreció. El terreno, que consistía en un laberinto de arrozales, montañas y selvas, atravesado sólo por senderos y algunas carreteras primitivas, dio a las guerrillas filipinas numerosas ventajas sobre los estadounidenses, que luchaban contra la geografía desconocida y el duro clima.

Los nacionalistas se reorganizaron en comandos regionales, con un gobierno «en la sombra», para librar una guerra de emboscadas, incursiones y ataques sorpresa diseñados para mantener a los estadounidenses fuera de balance. Las guerrillas se disfrazaron de no combatientes, se mezclaron con los civiles y utilizaron una combinación de caridad y terror para asegurarse el apoyo de las poblaciones locales. Los nacionalistas buscaban minar la voluntad de lucha de los estadounidenses y conseguir una victoria política, más que militar.

Los Estados Unidos también dividieron sus tropas, dando a los comandos regionales la responsabilidad de pacificar una zona concreta. Las tropas ocupaban cientos de pequeños puestos en o cerca de las ciudades que cumplían tres propósitos: proteger a la población de la intimidación de la guerrilla, interferir en la capacidad de la población para proporcionar alimentos y reclutas a la guerrilla, y proporcionar bases para las patrullas de pequeñas unidades y las incursiones en el monte en busca del enemigo. La división de las tropas provocó problemas de abastecimiento, moral, mando y control. Las enfermedades y la fatiga amenazaron con minar la eficacia de muchas guarniciones pequeñas. No obstante, la estrategia mantuvo a las guerrillas en fuga y desgastó su capacidad de lucha.

El presidente McKinley ordenó a las tropas que se «ganaran la confianza, el respeto y la admiración de los habitantes de Filipinas», por lo que las fuerzas estadounidenses también trabajaron para restaurar la sociedad civil construyendo escuelas y carreteras, reformando los mercados, mejorando la sanidad y los servicios higiénicos y ofreciendo amnistía a los guerrilleros. Restauraron los servicios gubernamentales y transfirieron gradualmente el control político a los filipinos. A pesar de estos avances, los combates duraron un año más. El nuevo comandante, el general Arthur MacArthur, permitió un mayor uso del encarcelamiento, la deportación, la ejecución y la confiscación y/o destrucción de propiedades para castigar a los guerrilleros.

Estas medidas más severas, junto con la continua promesa de un trato equitativo y un gobierno representativo, acabaron por quebrar la espalda del movimiento de resistencia. Los últimos comandantes revolucionarios importantes se rindieron en la primavera de 1902; y el 4 de julio los Estados Unidos proclamaron oficialmente el fin de la insurrección.

En su informe oficial, el Secretario de Guerra Elihu Root concluyó que «es evidente que se ha puesto fin a la insurrección, por un lado, haciendo que la guerra sea angustiosa y desesperante y, por otro, haciendo que la paz sea atractiva».

En total, más de 126.000 soldados regulares y voluntarios sirvieron en Filipinas entre 1899 y 1902. De ellos, 1.000 murieron en combate o por heridas recibidas en la batalla, 3.000 más murieron por enfermedad y otras causas, y casi otros 3.000 resultaron heridos.