En términos de enfermedades, se puede considerar que la Edad Media comienza con la peste de 542 y termina con la peste negra (peste bubónica) de 1348. Entre las enfermedades de proporciones epidémicas se encontraban la lepra, la peste bubónica, la viruela, la tuberculosis, la sarna, la erisipela, el ántrax, el tracoma, la enfermedad del sudor y la manía de bailar (véase infección). El aislamiento de personas con enfermedades contagiosas surgió por primera vez en respuesta a la propagación de la lepra. Esta enfermedad se convirtió en un grave problema en la Edad Media y, en particular, en los siglos XIII y XIV.

La Peste Negra, un brote de peste, llegó a los puertos mediterráneos del sur de Europa en 1347 y en tres años se extendió por toda Europa. El principal método para combatir la peste era aislar los casos conocidos o sospechosos, así como a las personas que habían estado en contacto con ellos. El periodo de aislamiento al principio era de unos 14 días y poco a poco se fue aumentando hasta los 40 días. Conmovidos por la Peste Negra, los funcionarios públicos crearon un sistema de control sanitario para combatir las enfermedades contagiosas, utilizando estaciones de observación, hospitales de aislamiento y procedimientos de desinfección. Los principales esfuerzos para mejorar el saneamiento incluyeron el desarrollo de suministros de agua pura, la eliminación de la basura y las aguas residuales, y la inspección de los alimentos. Estos esfuerzos fueron especialmente importantes en las ciudades, donde la gente vivía hacinada de manera rural con muchos animales alrededor de sus casas.

Durante la Edad Media se dieron una serie de primeros pasos en materia de salud pública: intentos de hacer frente a las condiciones insalubres de las ciudades y, mediante la cuarentena, limitar la propagación de enfermedades; el establecimiento de hospitales; y la prestación de asistencia médica y social.