La información concreta sobre la historia personal de Janitor es escasa y se ve confundida por su afición a dar relatos escandalosos (y a menudo contradictorios) de su pasado. Muchas de las historias que le ha contado a J.D. son claramente absurdas, algunas rozando lo surrealista o lo fantástico.

Ha afirmado que sus padres son también sus hermanos, ha hecho múltiples relatos contradictorios sobre haber estado casado y haber tenido hijos, ha afirmado que, en la universidad, estuvo a punto de batir un récord mundial en la carrera de 100 metros vallas, y ha dado una explicación para aprender el lenguaje de signos tan enrevesada que pide que se la lean cuando J.D. le pregunta si alguna parte es cierta. Su infancia y su vida familiar son igualmente misteriosas. Las secuencias ocasionales de flashbacks dan a entender que sus padres eran fastidiosos y ligeramente abusivos. Un flashback da a entender que la pérdida de un peluche en el «desorden» de su dormitorio le llevó a emprender la carrera de conserje. También afirma que su bisabuelo fue el general de la Guerra Civil Ambrose Burnside (mal pronunciado «Burnsides»). Sin embargo, en algunas ocasiones se insinúa que las anécdotas de Janitor son a veces ciertas hasta cierto punto, por ejemplo, muestra una considerable habilidad en las carreras de vallas en el mismo episodio en el que afirma haber estado a punto de batir dicho récord mundial.

Janitor habla español, coreano, alemán, italiano y lenguaje de signos americano. Cuando el personal de apoyo del hospital quiere cobertura dental, se convierte en su portavoz.

En ocasiones Janitor indica que hace poco trabajo real. Le dice a J.D. que sólo pasa una hora y media al día realizando sus tareas en el trabajo. Sin embargo, defiende sus responsabilidades sanitarias en el hospital cada vez que J.D. le pregunta al respecto, y se enorgullece de la limpieza de los suelos del hospital.

Aunque pasa la mayor parte de la serie acosando a J.D., en ocasiones Janitor atormenta a otros personajes como Christopher Turk. Esto suele ser en respuesta a un agravio percibido, como que otro personaje cree un desorden en el hospital o le falte al respeto.

Varios episodios muestran a Janitor fingiendo ser un médico («Dr. Ján Ĩtor») y también disfruta mucho de una ocasión en la que se le pide que asista durante una emergencia médica. En una ocasión, utiliza un juego de palas de desfibrilador rotas para fingir que revive a un paciente (en realidad, un par de almohadas y una fregona). También se hace pasar por el jefe de medicina cuando el verdadero jefe, Bob Kelso, está de viaje.

Janitor muestra un lado más suave en varias ocasiones. Alberga un enamoramiento escolar por Elliot Reid, al que suele referirse como «Doctor Rubio». También ha mostrado una auténtica compasión por los pacientes del hospital; en un episodio se pasa el día hablando con un paciente con síndrome de encierro sólo para hacerle compañía. En otro, se une a los demás para dar una sentida despedida a la enfermera Laverne Roberts, que muere a causa de las heridas sufridas en un accidente de coche. Más tarde, mientras el hospital llora el fallecimiento de Laverne en un bar, Janitor les invita a una ronda de bebidas y levanta su copa en señal de saludo. Más tarde revela que tanto él como Kelso se habían acostado con Laverne.

Flynn tuvo un pequeño papel en El fugitivo. Los guionistas de la serie se aprovecharon de ello, colocando a Janitor (en su papel ficticio) como el verdadero actor de la película. J.D. se da cuenta de esto mientras ve la película. Cuando J.D. se enfrenta a Janitor, éste (finalmente) admite que realmente era él -después de que J.D. le explique que quería que fuera Janitor, ya que eso le mostraría como algo más que un miserable amargado, sino como un hombre que una vez tuvo esperanzas y sueños, aunque no funcionaran-, pero le advierte que no se lo diga a nadie.

El padre de Janitor es retratado como si lo hubiera tratado de la misma manera que un instructor de instrucción trataría a un nuevo recluta. (Su padre es interpretado por el actor R. Lee Ermey, que hizo el famoso papel de instructor de instrucción en Full Metal Jacket). Sin embargo, Janitor le dice más tarde a J.D. que su padre murió cuando él era joven. Cuando J.D. recuerda haber conocido a su padre, Janitor responde misteriosamente que «conociste a un hombre».

Al principio de la octava temporada, el Dr. Taylor Maddox, sustituto de Kelso, despide a Janitor por gastarle una broma a J.D. que podría haberle provocado lesiones graves. Al final del episodio, es sustituido. Vuelve a ser contratado tres episodios más tarde después de que Maddox se vea obligado a abandonar el puesto.

Janitor es el autoproclamado líder del «Brain Trust», un club no oficial del hospital que está formado por un elenco rotativo de miembros del personal del Sagrado Corazón, como el abogado del hospital Ted Buckland, el cirujano Todd «The Todd» Quinlan, el Dr. Doug Murphy (al que Janitor llama «Nervous Guy») y Lloyd Slawski, un repartidor. El Brain Trust tenía originalmente otros tres miembros, pero Janitor se hartó de ellos durante el almuerzo, y se unió a la mesa detrás de él donde se sentaban los nuevos miembros.