Duncan e Isadora Quagmire son presentados en La Academia Austera cuando invitan a los niños Baudelaire a compartir su mesa en la cafetería de la escuela tras un desagradable encuentro con su pronto archienemigo Carmelita Spats. Llevan el nombre de Isadora Duncan, una bailarina que murió cuando su larga bufanda se enredó en la rueda de un coche, rompiéndose el cuello. Sus habilidades e intereses se establecen rápidamente: Isadora escribe poesía de forma recreativa, especializada en coplas; Duncan es un aspirante a periodista que toma notas sobre su entorno. Cada trillizo lleva un cuaderno a todas partes. Explican que sus padres y su hermano Quigley perecieron en un gran incendio y prefieren que se les llame trillizos; paralelamente a los Baudelaire y a la fortuna de los Baudelaire, les corresponde heredar los Zafiros de Quagmire cuando sean mayores de edad. Duncan e Isadora comparten clase con Violet y Klaus, respectivamente, y entre los trillizos y los Baudelaire surge una estrecha amistad. Cuando el Conde Olaf aparece como el entrenador Genghis, los Quagmires deciden involucrarse; investigan los crímenes pasados de Olaf en viejos periódicos de la biblioteca de la escuela y se escabullen de los conciertos del vicedirector Nero para espiarlo a él y a los Baudelaires. El último intento de los Quagmires de ayudar a los Baudelaires (desacertado, según Lemony Snicket) implica que los trillizos se disfracen de los Baudelaires y termina con el secuestro de Olaf cuando huye de la Escuela Preparatoria Prufrock con la ayuda de las mujeres de cara blanca, con la intención de obtener los Zafiros Quagmire. Antes de que se los lleven, Duncan le grita a Klaus la frase «VFD», diciendo que es algo horrible que él e Isadora descubrieron mientras investigaban la historia de Olaf.

En El Ascensor Ersatz, los trillizos son descubiertos encerrados en una jaula en el fondo de un hueco de ascensor sin uso y aparentemente sin sentido en el 667 de la Avenida Oscura, la dirección de los últimos guardianes de los niños Baudelaire, Jerome y Esmé Squalor. Se les describe con una «mirada embrujada». Saben poco sobre el plan actual de Olaf, pero son capaces de revelar que planea sacarlos a escondidas de la ciudad. Los Baudelaires regresan a su casa en el ático para preparar sopletes para liberar a los trillizos de su jaula, pero los encuentran desaparecidos cuando regresan al fondo del pozo; la eliminación de su jaula expone el verdadero propósito del pozo como un túnel secreto. Al final del libro, Olaf, Esmé y el Hombre de las Manos de Gancho escapan con éxito con los Quagmires, que habían sido escondidos dentro de un arenque rojo.

Duncan e Isadora hacen su última aparición en La aldea vil (aunque son referenciados regularmente durante el resto de la serie). El cuidador de la aldea, Héctor, con el que viven los Baudelaires, al enterarse de la existencia de los Quagmires, les entrega un trozo de papel en el que está escrita una copla que ellos reconocen como el estilo poético de Isadora. Héctor dice que encontró el papel al pie del Árbol de Nunca Jamás, donde se posan cada noche los cuervos que pueblan el pueblo. A medida que se desarrolla la historia, se encuentran más coplas en el fondo del árbol y los Baudelaires pronto descubren que las coplas, cuando se juntan, revelan dónde han sido encarceladas las Trillizas dentro del pueblo. Los Baudelaires acaban liberándolas y son perseguidas, junto con los Baudelaires, por los aldeanos hasta las afueras del pueblo. Una vez allí, Héctor aparece en su globo móvil autosuficiente. Las trillizas de Quagmire suben a la casa a salvo, pero los Baudelaires ven frustrado su intento de hacer lo mismo por Esmé Squalor, disfrazada de la oficial Luciana, utilizando un cañón de arpones. Los trillizos lanzan sus cuadernos a los Baudelaires y les ruegan que los lean para descubrir el secreto de VFD, pero Esmé también destruye los cuadernos utilizando el arma. Duncan e Isadora vuelan en la casa con Héctor, a salvo de las garras de Olaf. Sus notas, ahora fragmentadas, resultan ser de cierta ayuda para los Baudelaires a la hora de saber más sobre V.F.D, Olaf y sus propias conexiones con la organización.

Isadora y Duncan fueron atacados por las águilas de V.F.D., que acabaron con los globos que los sostenían, justo cuando se encuentran con Quigley. Como resultado, fueron enviados hacia abajo, sacando el Queequeg directamente debajo de ellos. Son tomados por El Gran Desconocido.