Fue la segunda iglesia católica romana de Filadelfia. Fue construida en 1763 como iglesia dominical para ser utilizada por los feligreses de la antigua iglesia de San José. Con el tiempo se convirtió en una parroquia por derecho propio. La iglesia ocupó un lugar destacado en la vida de la Filadelfia colonial y revolucionaria.

La antigua iglesia de Santa María fue el lugar donde se celebró la primera conmemoración religiosa pública de la Declaración de Independencia.

La antigua iglesia de Santa María se convirtió en la primera catedral de la diócesis católica romana de Filadelfia en 1810. Permaneció como tal hasta 1838.

Muchas figuras prominentes de la Filadelfia colonial y de la Revolución frecuentaron esta histórica iglesia.

Los miembros del Congreso Continental asistieron a los servicios aquí en cuatro ocasiones desde 1777 hasta 1781. George Washington, con un espíritu ecuménico, rindió culto aquí al menos en dos ocasiones. El puritano John Adams también vino aquí y escribió a su esposa Abigail,

«la música, que consistía en un órgano y un coro de cantantes, duró toda la tarde excepto el tiempo del sermón, y la asamblea cantó muy dulce y exquisitamente. Aquí se encuentra todo lo que puede atrapar la vista, el oído y la imaginación, todo lo que puede encantar y hechizar al simple e ignorante, me pregunto cómo Lutero pudo romper el hechizo.» – Biblioteca del Congreso de los Estados Unidos