Esta evaluación ecográfica se ofrece en esta etapa porque el bebé ha crecido lo suficiente y es más fácil evaluar con buena precisión sus órganos internos. Se realiza un examen sistemático de todas las estructuras del embrión en cuanto a su morfología y medidas. Esto incluye el examen del cerebro y el cráneo, la cara, el tórax y los pulmones, el corazón y sus vasos sanguíneos, la pared abdominal y las vísceras, la morfología del tracto urinario y genital en niños y niñas, las extremidades superiores e inferiores y la columna vertebral. También existe la posibilidad de examinar el feto para detectar la presencia de marcadores ecográficos (marcadores blandos). Su presencia altera la probabilidad de anomalías cromosómicas. Tales marcadores son un fémur o húmero cortos, focos ecogénicos en el corazón, hidronefrosis leve, plexos coroideos en el cerebro fetal, intestino ecogénico, hueso nasal corto o pliegue nucal aumentado. Sin embargo, la mayoría de los embriones que presentan uno o más marcadores ecográficos suelen ser fetos sanos. Pero como estos marcadores suelen estar presentes en fetos con anomalías cromosómicas, su presencia altera el riesgo que se dio en el momento de la translucencia nucal en el primer trimestre.

En este examen también se comprueba la posición de la placenta, la cantidad de líquido amniótico. Se mide la longitud del cuello uterino, un cuello uterino corto puede indicar si la madre tiene riesgo de parto prematuro. Realizamos también en esta etapa el Doppler de las arterias uterinas que puede mostrarnos si este embarazo tiene un mayor riesgo de desarrollar preeclampsia o restricción del crecimiento intrauterino. Mediante esta ecografía se detectan muchas anomalías congénitas, pero no todas. Hay que destacar que cuando no se detectan anomalías mediante esta ecografía el riesgo de que el bebé tenga un problema anatómico se reduce significativamente, pero no se elimina.