El 11 de noviembre de 1988, la policía investigó la desaparición del inquilino Alberto Montoya, un discapacitado del desarrollo con esquizofrenia cuya trabajadora social había denunciado su desaparición. Tras observar que la tierra estaba removida en la propiedad, descubrieron el cuerpo de la inquilina Leona Carpenter, de 78 años. Finalmente se encontraron siete cuerpos enterrados en la propiedad.

Puente fue acusado de un total de nueve asesinatos: El novio de Puente, Everson Gillmouth, de 77 años, y ocho inquilinos que vivían en la pensión: Ruth Munroe, de 61 años; Leona Carpenter, de 78; Álvaro «Bert/Alberto» Gonzales Montoya, de 51; Dorothy Miller, de 64; Benjamin Fink, de 55; James Gallop, de 62; Vera Faye Martin, de 64; y Betty Palmer, de 78.

Durante la investigación inicial, Puente no fue inmediatamente sospechosa, y se le permitió salir de la propiedad, aparentemente para comprar una taza de café en un hotel cercano. En cambio, tras comprar el café, huyó inmediatamente a Los Ángeles, donde se hizo amiga de un anciano pensionista al que había conocido en un bar. El pensionista, sin embargo, la reconoció por los informes policiales de la televisión y llamó a las autoridades.

El juicio de Puente se trasladó al condado de Monterey, California, en virtud de una moción de cambio de sede presentada por sus abogados, Kevin Clymo y Peter Vlautin III. El juicio comenzó en octubre de 1992 y terminó un año después. El fiscal, John O’Mara, era el supervisor de homicidios de la oficina del fiscal del condado de Sacramento.

O’Mara convocó a más de 130 testigos; argumentó ante el jurado que Puente había utilizado somníferos para dormir a sus inquilinos, que luego los había asfixiado y que había contratado a convictos para cavar los agujeros en su patio. Clymo concluyó su alegato final mostrando una imagen comúnmente utilizada en psicología que puede ser vista de diferentes maneras y diciendo: «Tengan en cuenta que las cosas no son siempre como parecen». El jurado deliberó durante más de un mes y finalmente declaró a Puente culpable de tres asesinatos. El jurado estuvo empatado 11 a 1 en la condena de todos los cargos, y el único que se resistió finalmente aceptó la condena de dos cargos de asesinato en primer grado, incluyendo circunstancias especiales, y un cargo de asesinato en segundo grado. La fase de la pena de la acusación se destacó por sus condenas anteriores presentadas por O’Mara.

La defensa llamó a varios testigos que mostraron que Puente tenía un lado generoso y bondadoso. Los testigos, incluida su hija desaparecida, declararon cómo Puente los había ayudado en su juventud y los había guiado hacia carreras exitosas. Los expertos en salud mental declararon que la crianza abusiva de Puente la motivó a ayudar a los menos afortunados. Al mismo tiempo, coincidieron en que tenía un lado malvado provocado por el estrés de cuidar a sus inquilinos desahuciados.

El alegato final de O’Mara se centró en los actos de asesinato de Puente:

¿Se hace alguien responsable de su conducta en este mundo? … Estas personas eran seres humanos, tenían derecho a vivir-no tenían muchas posesiones-ni casas-ni coches-sólo sus cheques de la seguridad social y sus vidas. Ella se lo llevó todo… La muerte es la única pena apropiada.

Clymo respondió evocando a Dorothea la niña y cuidadora. Peter Vlautin se dirigió a los miembros del jurado en tono confidencial, contrastando con los gritos de O’Mara:

Estamos aquí hoy para determinar una cosa: ¿Cuál es el valor de la vida de Dorothea Puente? Esa es la cuestión. ¿Hay que matarla?» Vlautin habló con delicadeza sobre la infancia de Puente tocando los aspectos traumáticos que marcaron su vida e instó a los miembros del jurado a ver el mundo a través de sus ojos. «Han oído hablar de la desesperación que fue la base de su vida, de la ira y el resentimiento… Si alguien en la sala del jurado les dice que no fue tan malo, pregúntenle si querrían que eso les pasara a ustedes mismos. ¿Querrías que eso le pasara a tus hijos? … Estoy convencido de que si hay alguna razón para que vivamos aquí en esta Tierra, es para mejorar de alguna manera la humanidad de los demás, para amar, para tocar a los demás con amabilidad, para saber que has hecho que una sola persona respire mejor porque has vivido. Les propongo, señoras y señores, que esa es la razón por la que estas personas vinieron a testificar por Dorothea Puente… Creo que sólo pueden entender de verdad por qué tanta gente testificó y les pidió que perdonaran la vida de Dorothea si alguna vez se han caído y tropezado en el camino de la vida y alguien les ha levantado, les ha dado consuelo, les ha dado amor, les ha mostrado el camino. Entonces entenderás por qué esta gente cree que vale la pena salvar la vida de Dorothea. Eso es atenuante. Es una cualidad humana que merece ser preservada. Es una llama de humanidad que ha ardido dentro de Dorothea desde que era joven… Esa es la razón para dar a Dorothea Puente la vida sin posibilidad de libertad condicional.