La clasificación de las lenguas semíticas sigue siendo objeto de debate. En la evaluación de la relación de una lengua con otra, la información proporcionada por una innovación compartida tiene mayor peso que la derivada de un arcaísmo compartido. Sin embargo, determinar si un rasgo es una innovación o un arcaísmo puede ser problemático, ya que depende de la comprensión del precursor de las lenguas que se van a comparar. Esto puede ser un proceso relativamente sencillo cuando el análisis se refiere a una lengua precursora bien documentada, pero se vuelve más difícil cuando se basa en la reconstrucción de una protolengua, el hipotético ancestro de un conjunto de lenguas relacionadas. Muchos aspectos de las protolenguas se postulan sobre la base de una cuidadosa comparación de los rasgos de las lenguas descendientes conocidas y, por tanto, son de naturaleza derivada más que diagnóstica.

En términos de estructura, los estudiosos coinciden en gran medida en los principales grupos: El acadio; el grupo semítico del noroeste, que comprende los grupos cananeo y arameo, junto con el ugarítico y el amorreo; el árabe; las antiguas lenguas del sur de Arabia; las lenguas modernas del sur de Arabia (que no descienden del antiguo grupo del sur de Arabia); y el etíope. Algunos proponen una agrupación semítica meridional compuesta por el árabe meridional moderno y el etíope (así como, posiblemente, el árabe y el antiguo árabe meridional). La posición del eblaíta, que comparte rasgos tanto con el acadio como con las lenguas semíticas del noroeste, sigue siendo objeto de debate.

Esta división proporciona el marco para los debates sobre las relaciones genéticas entre las lenguas semíticas. El acadio se separó claramente del resto de las lenguas muy pronto, formando una rama semítica oriental distinta de las restantes lenguas semíticas occidentales. Dentro de las lenguas semíticas occidentales, un problema crítico radica en la posición del árabe en relación con los demás grupos semíticos occidentales: aunque la estructura del verbo árabe refleja la de las lenguas semíticas del noroeste en muchos aspectos, en su sistema de sonidos y en los procesos de formación de palabras, el árabe parece más afín a los grupos etíopes y árabes modernos del sur. Muchos investigadores relacionan el árabe con el grupo semítico del noroeste para formar una rama semítica central; otros optan por considerar el árabe como una rama separada o una rama dentro del grupo semítico del sur.

A diferencia de las otras lenguas semíticas, el árabe, el etíope y los grupos árabes del sur antiguo y moderno emplean regularmente patrones de tallos «rotos» para formar sustantivos plurales (véase más abajo Sustantivos y adjetivos). Sin embargo, dado que es probable que, en un grado u otro, los plurales rotos ya fueran una característica de la lengua semítica ancestral, la presencia de tales estructuras plurales no puede utilizarse como prueba de una conexión genética especialmente estrecha entre estos cuatro grupos. Un apoyo un poco más fuerte para una rama semítica del sur separada puede verse en rasgos como la f, que se ha desarrollado en el árabe, el etíope y las lenguas modernas del sur de Arabia a partir de la *p semítica temprana (el símbolo * indica información derivada de la reconstrucción lingüística más que de la atestación directa).

La forma asumida por el tallo del verbo imperfectivo presente en las diversas lenguas se ha utilizado ampliamente como un rasgo diagnóstico en la clasificación de las lenguas semíticas (véase más abajo Inflexión verbal). Si, como se ha aceptado ampliamente, la forma de inflexión verbal encontrada tanto en el árabe como en las lenguas semíticas del noroeste representa un desarrollo innovador común a estas lenguas, este rasgo proporcionará un valioso apoyo a la teoría de una rama semítica central intermedia.