La ciudad de Houston estabilizó el exterior del edificio y los miembros de la Houston Aviation Alliance trabajaron para salvar la terminal. En 1998, se formó la Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), una organización sin ánimo de lucro, principalmente para salvar el edificio de la terminal amenazado. La HAHS reconoció que la financiación y la renovación debían realizarse por fases, y creó un plan para restaurar el edificio a lo largo del tiempo. A finales de 2003, los contratistas de la HAHS terminaron de eliminar el amianto y el plomo del ala norte de la terminal. El proceso de eliminación eliminó el yeso original de las paredes interiores, dejando intactos los muros cortina de azulejos no portantes de la terminal.

El ala norte de la terminal aérea se abrió al público en febrero de 2004 como primera fase del museo. El ala norte restaurada de la terminal albergó la colección del museo y la tienda de regalos y sirvió como base de operaciones del museo mientras se completaba la recaudación de fondos y la restauración del resto del edificio.

El resto del edificio finalizó la eliminación del amianto en mayo de 2008 y completó la reconstrucción del atrio y la entreplanta en febrero de 2009. Toda la planta baja se restaurará a su estado original cuando los fondos lo permitan. El museo se extenderá y ocupará toda la primera planta del edificio de la terminal y, a continuación, comenzará la renovación de las plantas superiores.

El Instituto Americano de Aeronáutica &Astronáutica (AIAA) designó el Museo de la Terminal Aérea de 1940 como Sitio Histórico Aeroespacial. La Terminal Aérea de 1940 es el 35º emplazamiento aeroespacial de la AIAA reconocido como un raro ejemplo de arquitectura aeroportuaria clásica Art Decó. En febrero de 2010, la Houston Aeronautical Heritage Society recibió el Good Brick Award por su excelencia en la conservación del Museo de la Terminal Aérea de 1940. Los premios Good Brick son concedidos anualmente por la Greater Houston Preservation Alliance. En 2008, la prensa de Houston declaró la terminal como la «Mejor pieza de la historia de la aviación».

En 2008, la HAHS obtuvo una licencia para el hangar más antiguo de los terrenos del aeropuerto Hobby, un hangar de mantenimiento de la Gran Flota de Plata de 1929. La organización utilizará este hangar para exhibir exposiciones más grandes de la colección, como dos simuladores, y la colección de aviones de HAHS, que incluye un avión ejecutivo Lockheed Lodestar de 1943, y un helicóptero S-58 Sikorsky que fue equipado para la elevación pesada civil.