La ascendencia de los hipopótamos es un tanto enigmática. Durante mucho tiempo, los paleontólogos pensaron que estos animales semiacuáticos, con su inusual morfología (caninos e incisivos de crecimiento continuo, cráneo primitivo y patrón de desgaste dental trifoliado), estaban emparentados con la familia Suidae, que incluye a los cerdos y los pecaríes. Pero en las décadas de 1990 y 2000, las comparaciones de ADN demostraron que los parientes vivos más cercanos del hipopótamo eran los cetáceos (ballenas, delfines, etc.), lo que discrepaba de la mayoría de las interpretaciones paleontológicas. Además, la falta de fósiles obstaculizó considerablemente los intentos de descubrir la verdad sobre la evolución de los hipopótamos.

Un nuevo trabajo paleontológico realizado por un grupo de investigadores franceses y kenianos ha revelado ahora que los hipopótamos no están emparentados con los suoides, sino que descienden de otro grupo ya extinguido. Los nuevos fósiles estudiados han permitido construir el primer escenario evolutivo compatible con los datos genéticos y paleontológicos. Al analizar una media mandíbula y varios dientes descubiertos en Lokone (en la cuenca del lago Turkana, Kenia), el equipo franco-keniano describió una nueva especie fósil (perteneciente a un nuevo género (2)), que data de hace unos 28 millones de años. La bautizaron como Epirigenys lokonensis, por la palabra «Epiri» que significa hipopótamo en la lengua turkana y el lugar del descubrimiento, Lokone.

Al comparar las características de los dientes fósiles con los de rumiantes, suoides, hipopótamos y antracoterios fósiles (una familia extinta de ungulados), los científicos reconstruyeron las relaciones entre estos grupos. Los resultados muestran que Epirigenys constituye una especie de transición evolutiva entre el hipopótamo más antiguo conocido en el registro fósil (hace unos 20 millones de años) y un linaje de antracterios. Esta posición en el árbol de la vida es compatible con los datos genéticos, lo que confirma que los cetáceos son los primos vivos más cercanos de los hipopótamos.

Este tipo de descubrimientos podría permitir algún día a los científicos trazar una imagen del ancestro común de cetáceos e hipopótamos. De hecho, el análisis de Epirigenys (28 millones de años) ha vinculado a los hipopótamos actuales con un linaje de antracoterios, los más antiguos de los cuales se remontan a unos 40 millones de años. Sin embargo, hasta ahora, el primer ancestro conocido de los hipopótamos tenía unos 20 millones de años, mientras que los primeros fósiles de cetáceos tienen 53 millones de años. De este modo, la brecha temporal entre los hipopótamos actuales y los cetáceos más antiguos se llena en casi un 75% según el escenario actual.

Además, este descubrimiento muestra toda la historia de la fauna africana bajo una nueva luz. África fue un continente aislado desde hace unos 110 a 18 millones de años. La mayor parte de la icónica fauna africana (leones, leopardos, rinocerontes, búfalos, jirafas, cebras, etc.) son llegadas relativamente recientes al continente (llevan allí menos de 20 millones de años). Hasta ahora se creía que lo mismo ocurría con los hipopótamos, pero el descubrimiento de Epirigenys demuestra que sus ancestros antropoides emigraron de Asia a África hace unos 35 millones de años.