Ende Juli 1898 trafen 13.000 US-Freiwillige und 2.000 reguläre Truppen ein, um im Rahmen des Spanisch-Amerikanischen Krieges die Kontrolle über die Philippinen von den Spaniern zu übernehmen. Zusammen mit der philippinischen Revolutionsarmee, die etwa 13.000 Mann zählte, standen sie in Manila 13.000 Spaniern gegenüber. Die Amerikaner und die Filipinos teilten das gemeinsame Ziel, Spanien zu besiegen, aber danach wollten die Filipinos die Unabhängigkeit, während die USA die Philippinen als Territorium behalten wollten. Diese Meinungsverschiedenheit führte zwangsläufig zu Konflikten.

Der spanische Gouverneur in Manila erkannte, dass seine Lage aussichtslos war, wollte aber aus Gründen der Ehre und um ein Kriegsgericht in der Heimat zu vermeiden, zumindest einen symbolischen Widerstand leisten. Außerdem befürchtete er, dass philippinische Rebellen seine Truppen massakrieren könnten. Auch die Amerikaner wollten ein Massaker vermeiden und den Rebellen die politische Legitimation verweigern, die sie durch die Einnahme der Stadt erlangen würden. Also schlossen sie einen geheimen Pakt: Die Spanier würden nur minimalen Widerstand leisten, wenn die Amerikaner versprachen, die Filipinos draußen zu halten. Am 13. August, nach einem kurzen Gefecht, bei dem 17 US-Soldaten getötet und 105 verwundet wurden, besetzten US-Soldaten Manila und schlossen die Filipinos aus.

Gemäß den Bestimmungen des Pariser Vertrags wurden die Philippinen zu einem Territorium der Vereinigten Staaten, nicht zu einem unabhängigen Land. Der US-Senat musste den Vertrag noch ratifizieren, aber die Filipinos warteten nicht ab, was geschehen würde. Sie gründeten eine Republik mit der Hauptstadt Malolos und bereiteten sich darauf vor, sich jedem Versuch der USA zu widersetzen, den Vertrag durchzusetzen. Während die Soldaten beider Seiten ängstlich abwarteten, verschlechterten sich die Beziehungen zwischen den Verbündeten und es kam zu Handgreiflichkeiten. Es war nur eine Frage der Zeit, bis es zum Ausbruch von Gewalt kam.

In der Nacht des 4. Februar 1899 lieferten sich philippinische und amerikanische Patrouillen einen Schusswechsel in der Nähe eines umstrittenen Dorfes. Die Schüsse weiteten sich schnell aus, und im Morgengrauen begannen die Amerikaner mit einem Angriff. Bis heute weiß niemand, wer den ersten Schuss abgefeuert hat, aber der Krieg hatte begonnen.

In Washington ratifizierte der Senat am 6. Februar knapp den Vertrag von Paris. Nachdem die Vereinigten Staaten die Philippinen formell von Spanien gekauft hatten, erklärten sie ihren neuen Besitz für aufständisch.

Die nationalistische Befreiungsarmee der Philippinen verfügte über 40.000 Mann plus örtliche Milizen, aber es mangelte ihr an Ausbildung, Disziplin und Ausrüstung. Außerdem litt sie unter einer inkompetenten und unerfahrenen Führung. Die US-Truppen umfassten weniger als 20.000 Mann, von denen die meisten Freiwillige waren, die nach dem Ende des Krieges mit Spanien nach Hause zurückkehren wollten. Dennoch schlugen sich die Freiwilligen wacker, und Ende Februar hatten sie die philippinische Armee aus Manila vertrieben und einen Aufstand in der Stadt selbst niedergeschlagen. Ende März nahmen sie Malolos ein und fügten den philippinischen Streitkräften eine Reihe schwerer Niederlagen zu.

Im Sommer 1899 verlangsamte sich der Feldzug. Die kleine US-Truppe hatte Schwierigkeiten, weit von ihrer Basis in Manila entfernt zu operieren. Krankheiten und Ermüdung reduzierten einige Regimenter um 60 Prozent. Als der Monsun einsetzte, geriet die Armee unter politischen Druck, die staatlichen Freiwilligen nach Hause zu schicken.

Der Kongress reagierte, indem er eine Truppe von Freiwilligen für den Dienst auf den Philippinen bewilligte. Anders als die staatlichen Freiwilligen von 1898 wurden diese Einheiten von der Bundesregierung organisiert. Im September 1899 trafen die neuen US-Freiwilligenregimenter zusammen mit zusätzlichen Einheiten der regulären Streitkräfte ein. Nach dem Abzug der staatlichen Freiwilligen verfügten die USA nur noch über eine effektive Truppenstärke von knapp 27.000 Mann. Die Volunteers drängten auf den Angriff und vernichteten einen Großteil der nationalistischen Armee, während der Rest versprengt wurde. Die Nationalisten reagierten, indem sie zum Guerillakrieg übergingen.

Die Änderung der Taktik kam ihnen zugute. Das Gelände, ein Labyrinth aus Reisfeldern, Bergen und Dschungel, das nur von groben Pfaden und einigen primitiven Straßen durchzogen war, verschaffte den philippinischen Guerillas zahlreiche Vorteile gegenüber den Amerikanern, die mit der ungewohnten Geografie und dem rauen Klima zu kämpfen hatten.

Die Nationalisten organisierten sich in regionalen Kommandos mit einer „Schattenregierung“, um einen Krieg aus Hinterhalten, Überfällen und Überraschungsangriffen zu führen, der die Amerikaner aus dem Gleichgewicht bringen sollte. Die Guerillas tarnten sich als Nichtkombattanten, mischten sich unter die Zivilbevölkerung und sicherten sich mit einer Kombination aus Wohltätigkeit und Terror die Unterstützung der örtlichen Bevölkerung. Die Nationalisten versuchten, den Kampfeswillen der Amerikaner zu untergraben und eher einen politischen als einen militärischen Sieg zu erringen.

Die USA teilten ihre Truppen auch auf und übergaben regionalen Kommandos die Verantwortung für die Befriedung eines bestimmten Gebiets. Die Truppen besetzten Hunderte von kleinen Posten in oder in der Nähe von Städten, die drei Zwecken dienten: die Bevölkerung vor der Einschüchterung durch die Guerilla zu schützen, die Bevölkerung daran zu hindern, die Guerilla mit Nahrungsmitteln und Rekruten zu versorgen, und Stützpunkte für Patrouillen kleinerer Einheiten und Raubzüge in den Busch auf der Suche nach dem Feind zu schaffen. Die Aufteilung der Truppen führte zu Problemen bei der Versorgung, der Moral, der Führung und der Kontrolle. Krankheit und Ermüdung drohten die Wirksamkeit vieler kleiner Garnisonen zu untergraben. Präsident McKinley befahl den Truppen, „das Vertrauen, den Respekt und die Bewunderung der Einwohner der Philippinen zu gewinnen“, und so arbeiteten die US-Streitkräfte auch an der Wiederherstellung der Zivilgesellschaft, indem sie Schulen und Straßen bauten, Märkte renovierten, das Gesundheits- und Sanitärwesen verbesserten und den Guerillas Amnestie gewährten. Sie stellten die staatlichen Dienste wieder her und übergaben die politische Kontrolle schrittweise an die Filipinos. Trotz dieser Fortschritte dauerten die Kämpfe noch ein ganzes Jahr an. Der neue Befehlshaber, General Arthur MacArthur, gestattete einen verstärkten Einsatz von Haft, Deportation, Hinrichtung und Beschlagnahmung bzw. Zerstörung von Eigentum zur Bestrafung der Guerillas.

Diese strengeren Maßnahmen sowie das fortgesetzte Versprechen einer gerechten Behandlung und einer repräsentativen Regierung brachen der Widerstandsbewegung schließlich das Genick. Die letzten großen Kommandeure der Revolution ergaben sich im Frühjahr 1902, und am 4. Juli erklärten die Vereinigten Staaten den Aufstand offiziell für beendet.

In seinem offiziellen Bericht kam Kriegsminister Elihu Root zu dem Schluss, dass „es offensichtlich ist, dass der Aufstand zu einem Ende gebracht wurde, indem einerseits ein Krieg erschreckend und hoffnungslos gemacht und andererseits der Frieden attraktiv gemacht wurde.“

Insgesamt dienten zwischen 1899 und 1902 über 126.000 reguläre und freiwillige Soldaten auf den Philippinen. Davon starben 1.000 im Kampf oder an den im Kampf erlittenen Wunden, weitere 3.000 starben an Krankheiten und anderen Ursachen, und fast weitere 3.000 wurden verwundet.