Das Mittelalter beginnt mit der Pest von 542 und endet mit dem Schwarzen Tod (Beulenpest) von 1348. Zu den Krankheiten, die epidemische Ausmaße annahmen, gehörten Lepra, Beulenpest, Pocken, Tuberkulose, Krätze, Erysipel, Milzbrand, Trachom, Schwitzkrankheit und Tanzwut (siehe Infektion). Die Isolierung von Personen mit übertragbaren Krankheiten wurde erstmals als Reaktion auf die Ausbreitung der Lepra eingeführt. Diese Krankheit wurde im Mittelalter und insbesondere im 13. und 14. Jahrhundert zu einem ernsten Problem.

Der Schwarze Tod, ein Ausbruch der Pest, erreichte 1347 die Mittelmeerhäfen Südeuropas und breitete sich innerhalb von drei Jahren in ganz Europa aus. Die wichtigste Methode zur Bekämpfung der Pest bestand darin, bekannte oder vermutete Fälle sowie Personen, die mit ihnen in Kontakt gekommen waren, zu isolieren. Die Dauer der Isolierung betrug zunächst etwa 14 Tage und wurde nach und nach auf 40 Tage erhöht. Unter dem Eindruck des Schwarzen Todes schufen die Behörden ein System der sanitären Kontrolle zur Bekämpfung ansteckender Krankheiten, das Beobachtungsstationen, Isolierkrankenhäuser und Desinfektionsverfahren umfasste. Zu den wichtigsten Maßnahmen zur Verbesserung der sanitären Verhältnisse gehörten die Entwicklung einer reinen Wasserversorgung, die Müll- und Abwasserentsorgung sowie die Lebensmittelkontrolle. Diese Bemühungen waren vor allem in den Städten wichtig, wo die Menschen auf dem Land auf engstem Raum mit vielen Tieren um ihre Häuser herum lebten.

Im Mittelalter wurden erste Schritte im Bereich der öffentlichen Gesundheit unternommen: Versuche, die unhygienischen Verhältnisse in den Städten in den Griff zu bekommen und durch Quarantäne die Ausbreitung von Krankheiten einzudämmen, die Einrichtung von Krankenhäusern sowie die Bereitstellung von medizinischer Versorgung und sozialer Hilfe.